跪伏在地方听旨的倭王已经浑身颤抖了，他现在很清楚这份诏书的意思的，这是大明皇帝的问罪诏书，传旨行人接着读道：“惟我国家，律法森严，典章俱在。生育品物莫大於天地，爱敬罔极莫重於君亲。是故为臣贵乎尽忠，亏之者有罚；为子在於行孝，违之者必诛。大则枭之市朝，小则终贻戮辱。此则刑章之用也。至公之道，底罚行赏；前王所以持法割恩，垂涕行戮；言念及此，叹息弥深！”
传旨的行人语气愈发严厉，继续读道：“臣子之节，君亲是奉；或志怀干纪，当义在灭私。然尔倭王，钦奉上谕，世守海东，朕膺冀有加，庶其克保维城，有俾王室；尔其弃分符之任，专用钺之威；敢怀逆节，自桎严刑，公行暴乱，罪情昭彰，法无可恕。既自贻殃，欲何逃罪？据其凶悖，理合诛夷，且王者立法，百代所遵；稽彼常科，罪当殊死！虽有八议之典，难逃刑章之戮！然群臣屡谏，以尔身系王爵，特从宽典；矜其万死，屈於九刑。宜寛伏鑕之命，俾黜析珪之典，除国夺封，槛送京师。其同谋共逆，一体斩决；以刑戮之威，彰国法之严。钦此！”
行人宣读完上谕之后，冷声问道：“罪藩何不接旨？”
倭王这才颤抖的接旨，而朱载坖的上谕中已经是明确的说了对于倭王的处罚，就是除国夺封，就是大明的亲王服色他已经不能再穿了，刘綎准备命人剥去他的服色，但是被方逢时的所制止了，毕竟还是要给他留一点体面的，方逢时命令安东都护府的亲兵带倭王去一边更衣，同时将他软禁在安东都护内，从现在开始，他就不再是倭王了，而是大明的待审罪囚了。
除此之外，朱载坖的上谕中也说的清楚，将其同谋共逆，一体斩决，至于哪些人是同谋共逆，判断的依据自然是在方逢时这里，而方逢时的判断办法也很简单粗暴，他认为这些倭国的公卿都是同谋，没有什么区别，所以方逢时要求将这些公卿彻底消灭，永绝后患，这点也得到了刘綎、朱应桢等人的支持，他们很清楚，这些所谓的公卿在倭国颇有势力，而且他们世居京都，各种关系盘根错节，这点是非常之重要的。
只杀一部分人根本无法解决这个问题，不如一劳永逸，将他们彻底铲除，将整个倭国的这个公卿阶层抹去，这样的对于朝廷在倭国建立起统治更加有利，之前方逢时就已经征调安东诸卫的卫所士卒加上原本驻京都的官军，已经有一万五千余人，方逢时命令封闭京都各门，同时分工明确，刘綎指挥官军负责杀人，朱应桢指挥锦衣亲军负责抄家，各司其职，然后加以分配。
而在倭王被带到大明安东都护府之后，京都城内的倭国公卿们也感觉到有些不妙了，他们纷纷聚集自己所豢养的家兵、浪人等，同时关白九条兼孝亲自求见方逢时，想要询问倭王的下落问题，在刘綎的指挥下，官军封闭京都各门，开始清除这些公卿们，这些公卿们自然不可能坐以待毙，举兵反抗，方逢时以倭人反叛为由，在京都大肆搜杀公卿，同时将倭王一系的男丁全部拘捕，准备解送京师。
京都的这些公卿们虽然豢养了一些家兵浪人，但是这些人的战斗力是远不如官军的士卒们的，刘綎用了一整天将京都城内的公卿杀戮殆尽，而朱应桢则是指挥锦衣亲军抄家等，除了部分财物要解运内承运库之外，剩余的财物都要赏赐给官军士卒们，同时方逢时还向倭国的这些大名们发布了大明的上谕，改倭国伪倭奴都统使司，但是都统使的任命还尚未确定，按照道理来说，如果大明不想废了倭王，应该在上谕中明确说明的，但是在朱载坖的上谕中只有历数倭王的罪过，对其除国夺封的处分和槛送京师的处理，对于倭奴都统使由谁担任却只字不提。
这些倭国的地方豪强们很清楚，大明肯定是希望扶持一个对大明恭顺的傀儡，倭王为何被废？就是因为他对大明不恭顺，尽管大明屠戮公卿一事让很多地方大名无法接受，因为有一些地方的大名本身就是这些倭国公卿的分家，不过大部分的大名对于这些公卿并没有什么太大的感觉。
因为大部分的大名都是所谓的武家出身，平安时代中期倭国的贵族社会，使特定的官职及职能固定化，形成了“继承家业”的发展，以武艺为才能的下级贵族“兵家”渐由专门于军事的贵族形成，当中由军事贵族成立时期武士而形成。这些家族所指的“武家”是由“武勇之家”“武门”而来的世族。这个称呼亦包括了有武力、武勇及以仕奉辅廷的家系。后来源赖朝在关东设立镰仓幕府，幕府及镰仓殿开始称呼为武家。幕府以及镰仓殿（源赖朝），以武力向皇帝勤王。由于为镰仓幕府工作的人被称作武家、而为朝廷工作文官被称为“公家”。
这些公卿所属的公家一向看不起这些地方的大名们，公家和武家的关系谈不上好，尤其是这个时候，为这些公卿出头就意味着要直面大明的兵锋，这种蠢事这些大名们是不会干的，而且他们关心的是大明会怎么处置自己，方逢时也以安东都护府的名义发布了命令，虽然现在倭国的国号不存，但是大明朝廷仍旧尊重这些倭国的大名。
除了原倭国朝廷所领有的土地被大明安东都护府所接管之外，其余各大名的土地等仍旧保留，大明在倭奴都统使司实施土司制度，各个大名要将原本的倭国官爵全部予以革除，同时按照领地、人口和对大明的恭顺程度等，受封大明官职，成为倭国都统使司的土司，方逢时要求这些大名们限期上表，否则就视为公卿的共谋逆党。