对于朱载坖来说，现在搞清楚了事情的本质，反倒好解决了，一个努尔哈赤罢了，即便是他控制了王兀堂部，再收拢一些所谓当年建州左卫的余孽，拢共不过万余人，这对于现在的大明来说不是什么多大的事情，朱载坖调度官军将其讨平就是了。
而就在朱载坖调动官军前往剿灭努尔哈赤的时候，辽东总兵严绍庭急报，辽东的形势再度恶化，努尔哈赤报复的对象是尼堪外兰，他认为尼堪外兰是女真人中的叛徒，当初如果不是尼堪外兰背叛的话，他的父祖也不会命丧大明之手，所以努尔哈赤在稳定住局势之后，第一个就对尼堪外兰动手的。
而尼堪外兰也不负众望溃散了，一来是尼堪外兰本来就不擅长打仗，他之所以能够当上建州卫指挥使，靠的是大明的支持，二来就是尼堪外兰的部众中本身就有不少是当年王杲、觉昌安的旧部，他们对于尼堪外兰一直以来对于大明的恭顺态度早就有所不满了，再加上努尔哈赤外祖父王杲和祖父觉昌安在女真中心目中都是反抗大明的大英雄，所以在努尔哈赤起兵之后女真人响应他的不好。
而尼堪外兰则是发挥特长，带领自己的家人和亲信溜之大吉，跑到大明请求内附，朱载坖对此也没有什么话说，朱载坖原本就对尼堪外兰没有多大的希望，朱载坖认为他能够统御部分女真人就行了，现在这种情况，证明尼堪外兰确实是个废物，但是起码是一个忠诚的废物。
朱载坖给辽东方面下旨，要求辽东地方安置尼堪外兰，将尼堪外兰及其部属予以安置，同时努尔哈赤也向朝廷上疏，称他的父祖觉昌安、塔克世当年并非真的想要谋反，而是被王台、尼堪外兰、黑春等人构陷的，所以他的仇人是王台、尼堪外兰等人，如果大明能够让他继续当建州左卫指挥使，他愿意继续向大明进贡，为大明藩篱。
朱载坖对于努尔哈赤的奏疏直接是嗤之以鼻，觉昌安、塔克世当年是不是谋反，自然是不用多讲的，努尔哈赤杀了大明的提督大将，还想善了此事，当朱载坖是什么人了？对于努尔哈赤的这种奏疏，别说朱载坖了，就是科道反应也是极为激烈的，凌云翼等都被科道交章弹劾，指责他们养寇自重，要求官军迅速进剿，将努尔哈赤槛送京师来。
朱载坖没有催促官军进剿，而要要求官军周密部署之后再进剿，同时从京通仓调拨粮秣等物资，支持官军的进剿，而朱载坖现在担心的是主将的人选问题，英国公张元功也算是有经验的大将了，曾经多次跟随戚继光、李成梁出征北虏，也算是宿将了，但是张元功的经验主要来自于北虏，对于东虏也就是女真人的经验不足，而严绍庭虽然久镇辽东，但是确实在经验上比较缺乏，所以有人认为应该更易将帅，更换更加熟悉情况的大将前往辽东。
但是朱载坖考虑到临阵换将，兵家之大忌，这点使得朱载坖有些拿不定主意，为此朱载坖召见的军机大臣们，商量此事，朱载坖想将李如松调回来，但是现在临阵换将，又担心因此影响战事，所以朱载坖召集军机大臣们商量此事，徐渭等人认为暂且不必将李如松调回来，因为现在张元功、严绍庭等人并没有错误，而且严绍庭久镇辽东，在当地还是颇有威望，如果临阵换将，对于军心士气都可能有不好的影响。
而且李如松这厮，不说也罢，打仗练兵确实是一把好手，但是惹事那也是绝不含糊的，之前在京营，和兵部官员处理不好关系，到了中都一样也是和这些文官们天天搞事情，巡按御史经常弹劾他跋扈，甚至连督师南京大学士沈鲤也认为不应该将他放在中都这等紧要之地。
而且现在调李如松来，时间上已经来不及了，朝廷大军已经出征，这个时候更易大将绝非好事，而且徐渭还提出一个问题，就是即便是把李如松调回来，让李如松担任什么职务，以李如松的性格，必定是不甘于人下的，要想发挥李如松这样的大将的能力，就必须让他当主帅，而李如松这伙的性格大家也都是很清楚的，极难相处，而且从制度上来说，张元功无论是资历还是爵位都是远远超过李如松的。
朝廷是不可能让李如松指挥张元功的，而李如松也必不甘心屈居人下，而且严绍庭也不是什么善茬，毕竟是太子的侍从出身，严家和皇家的关系也是很亲密的，所以即便是将李如松调回来，也不一定能够取得好的效果，所以朱载坖决定还是暂且不调李如松去辽东，同时朱载坖命令调中都留守司留守李如松提督天武军，兼领参谋军务总署，负责向朱载坖提供参谋。
而朱载坖也严旨处分了凌云翼和严绍庭等人，要求他们要将努尔哈赤的动态打探清楚，以备朝廷征讨女真，对于努尔哈赤的上疏，则不予理会，朱载坖认为女真人怕是在辽东待得太安逸了，看来确实是需要搬搬家了，所以在这次讨平女真之后，要将他们迁移到西北去，免得他们再为祸辽东。
同时朱载坖也给英国公张元功下旨，朱载坖在密旨中要求张元功要详加侦察，周密计划，因为贼酋努尔哈赤素性狡诈，官军要戒骄戒躁，徐图进取，务求将贼酋全歼，同时切忌不可分兵，为贼所乘，要注意保密，朱载坖还严敕辽东总督凌云翼，要求他对于内附的女真人严加管束，加强甄别，严防其中有努尔哈赤的间谍，辽东、吉林的地方官府也要捕拿女真探子，断绝他们的情报来源，保证官军行动的秘密性，这点是极为重要的。
朱载坖对于努尔哈赤还是很重视的，虽然他现在的实力不强，但是他潜在的破坏力是很大的。