朱载坖现在要对西域南部用兵，所以说对于西域北部的卫拉特蒙古，朱载坖希望采用较为和平的办法对卫拉特部加以拉拢，使得官军可以腾出手来南下伊犁等地，迅速讨平西域，这点是极为重要的，所以对于卫拉特部的条件是相对比较宽松的。
朝廷不会大规模干涉卫拉特内部的事务，驻军科布多等地也主要是为了解决大明的西北边防问题，这点是极为重要的，在安定了倭国之后，朱载坖必须对于蒙古事务有一个完整的规划，为大明日后对于蒙古的战略制定好办法，所以朱载坖决定召开国务会议，召集内阁辅臣、军机大臣以及相关的部院衙门官员，同时和临边督抚们一道就此事进行商讨。
朱载坖首先命令兵部、锦衣亲军等衙门就大明现在所掌握的情况向朱载坖和重臣们加以汇报，现在蒙古部落中比较大的就是三部，第一就是所谓的漠南蒙古，主要是以土默特部为主，包括原来土蛮、鄂尔多斯等部的余部等，和大明的关系是最为密切的，土默特部和大明的关系是相对比较密切，现在顺义王和大明的关系也是最密切的，他们住牧在边墙之外紧邻大明的草原上，和大明通商贸易，是现在蒙古诸部中最亲大明的部落了。
其次就是所谓的喀尔喀蒙古人，其实和土默特部是同出于东蒙古的，在大明初年，蒙古分裂为东西蒙古。西蒙古就是瓦剌部，游牧在杭爱山以西、天山以北的草原，东蒙古则是鞑靼部，而蒙古大汗的牙帐在东蒙古。蒙古大汗达延汗即位以前，在东蒙古中央地带已经形成了六个大万户，但是除了蒙古大汗所在的察哈尔万户也就是土蛮部，其余万户都在异姓贵族统治之下。达延汗经过长期的斗争，结束了异姓贵族对各部的世袭统治权，同时将自己的子孙分封到六万户，在东蒙古确立了成吉思汗“黄金家族”的直接统治。
达延汗共有十一子。达延汗将其第六子阿勒楚博罗特与第十一子格哷森札札赉尔分别分封到喀尔喀万户的左翼和右翼。也就形成了现在的喀尔喀蒙古，喀尔喀蒙古所占据的住牧地是十分之广大的，接呼伦贝尔，西至科布多，南临大戈壁，北与布里亚特蒙古接壤。虽然和大明部直接接壤，但是依旧是大明必须要重视的势力。
然后就是卫拉特四部了，对于卫拉特四部，现在大明也已经是比较了解了，在之前大明主要打交道的对象就只是土默特部，对于大明来说，和蒙古打交道的目的主要就是为了使得大明的九边安定下来，在很多朝臣们看来，现在这样就已经很好了，土默特部对大明十分之恭顺，现在九边的危机已经解除了，所以现在的状态就是很好的。
但是朱载坖显然想的要更加遥远一些，土默特部现在对于大明自然是恭顺的，但是土默特部能否保证一直恭顺？或者是土默特部虽然能够保证恭顺，但是土默特部要是无法统御其余蒙古诸部了，一样对于大明是十分之麻烦的，而这种事情，在蒙古诸部之中其实是非常之常见的事情，这点对于大明来说是不得不防范的事情。
所以朱载坖认为，大明要纠正对于蒙古的态度，大明的出发点不仅仅只是保证大明的边防安全的问题，而是要对于蒙古三大部落都要加以控制，使得他们成为大明的藩篱，不过朱载坖认为，对于蒙古三部，大明还是有有所侧重，分别采取不同的态度，土默特部现在是和大明关系最密切的蒙古部落，不仅仅是顺义王对大明比较恭顺，土默特部在经济上和大明的关系也是十分之密切的。
而且土默特部已经不能够算是大明的藩篱了，准确的说，土默特部是大明的外边，所以大明要加强对于土默特部的控制和管理，同时维护顺义王蒙古之主的地位，这点将会是大明对蒙古的长期政策，也就是通过顺义王领导蒙古各部，使得卫拉特和喀尔喀蒙古臣服于大明，成为大明的藩篱，这是大明的蒙古政策所要达到的目的。
对于朱载坖的这个设想，重臣们有些诧异的，申时行就问道：“陛下，如此岂不是要大用兵于塞外？”这是重臣们比较关心的事情，用兵塞外，是太祖、成祖时的常有的事情，不过当年以太祖、成祖的雄才大略，都未能通过征讨大漠使得蒙古的边患消失，而且这种大规模的出塞征讨，所耗费的钱粮都是不菲的，所以重臣们对于此事是很重视的。
不过朱载坖对于大规模征讨漠北也是持非常之谨慎的态度，大规模征讨漠北，对于朝廷来说，征讨漠北是一件极为耗费财力的事情，即便现在朝廷的财力有了很大的改观，但是大明出塞征讨，仍旧会对朝廷的财政造成很大的负担，这点是很重要的事情。
而且对于蒙古，现在朱载坖已经有了更加有利的武器，就是宗教，虽然格鲁派在草原的传播，不仅仅是土默特部信奉，现在很多蒙古部落都已经信奉格鲁派，最典型的例子就是喀尔喀部，早在隆庆二十一年，蒙古外喀尔喀领主，土谢图汗部始祖。达延汗子格哷森札札赉尔孙，诺诺和(伟征诺颜)长子，喀尔喀部的大汗阿巴岱汗就已经到归化城见达赖喇嘛，皈依格鲁派。
阿巴岱汗至土默特归化城(今呼和浩特)谒见第三世达赖喇嘛，呈献貂皮、帐幕、币帛、牧畜等数以万计，获得“瓦齐尔汗(一译斡齐赉汗)”称号，是本朝外喀尔喀第一个拥有汗号者，亦是第一个皈依佛教的外喀尔喀领主。归后在和林附近建外喀尔喀第一所大寺额尔德尼昭，由栋科尔满珠锡里呼图克图主持开光仪式。在其倡导下，佛教迅速在外喀尔喀传播。