在庞培缺席期间，马库斯·李奇尼乌斯·克拉苏斯（marcus Licinius crassus）被指派镇压由斯巴达克斯（Spartacus）领导的奴隶叛乱，即第三次奴隶战争（third Servile war）。
庞培在公元前71年克拉苏斯击败主要叛军后不久回到意大利，正好赶上对从战斗中逃脱的6,000名逃亡者进行屠杀。
他声称自己通过这种方式结束了战争，这一说法长期以来让克拉苏斯感到不满。
庞培因在西班牙的胜利被授予第二次凯旋，并被提名为执政官。
由于他既年轻又在技术上不具资格，因此需要一项特别的元老院法令（senatorial decree）来支持他的任命。
普鲁塔克（plutarch）认为庞培支持克拉苏斯作为他的共同执政官，以使克拉苏斯对他产生依赖。
两人在公元前70年被选为执政官，但据说在几乎所有措施上意见相左，使得他们的任期被称为“政治贫瘠且没有成就”。
然而，他们的执政期间确实见证了平民法官（plebeian tribune）恢复了被苏拉（Sulla）剥夺的权力。
其中最重要的一项是有权否决元老院法案，这一行为常被视为晚期共和国政治的转折点。
尽管这一措施受到民众欢迎，但必然遭到贵族派（optimates）的反对，因此通过该法案需要两位执政官的支持，尽管大多数现存文献几乎没有提及克拉苏斯。
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海盗活跃于整个地中海，他们的舰队经常与罗马的敌人形成临时联盟，包括塞托里乌斯（Sertorius）和米特里达梯（mithridates）。
在过去五十年中，他们的势力和影响范围有所扩大，部分原因是传统海上强国如罗德岛（Rhodes）实力的衰退，而之前试图镇压他们的努力均未成功。
然而，罗马人常常将他们的对手称为“海盗”或“匪徒”，一些历史学家认为将其视为一个常规敌人而非无组织的流寇更为准确。
这些海盗主要基地位于奇里乞亚（cilicia），在公元前68年他们袭击了罗马的港口奥斯提亚（ostia），并绑架了两名元老，激起了普遍的愤怒。
在庞培的推动下，公元前67年平民保民官奥卢斯·加比尼乌斯（Aulus Gabinius）提出了《加比尼亚法》（Lex Gabinia），赋予庞培镇压海盗的权力。
这项法案授予他在距地中海（mediterranean）50英里内的任何省份拥有为期三年的执政官权限，并赋予他任命副将的权力以及大量财政支持。
元老院担心一人拥有如此广泛的权力，因此反对该法，但民众通过了此法。
庞培面临的大部分困难来自那些不满他权力的官员。
在高卢（Gaul），皮索（piso）阻挠了他的招募工作，而在克里特（crete），昆图斯·梅特鲁斯（quintus metellus）拒绝遵从他的指示。
庞培将部队分布在整个地中海，以防止海盗逃离罗马舰队的追击。
他派出十五名副将专门巡逻各个区域，同时确保罗马的粮食运输路线畅通。
这些措施使他在仅40天内便掌控了西地中海，之后他的舰队转向东方，将海盗逼回其在奇里乞亚的基地。
庞培亲自领导了对其堡垒科拉卡西乌姆（coracaesium）的决定性攻击，赢得了科拉卡西乌姆之战（battle of Korakesion），并在短短三个月内结束了战争。
由于庞培以宽厚着称，大多数敌人未战而降。
他们被分配到在米特里达梯战争（mithridatic war）期间被破坏的城市中定居，特别是被重新命名为庞培城（pompeiopolis）的索利（Soli），以及希腊的迪美（dyme），还有部分人被安置在利比亚（Libya）和卡拉布里亚（calabria）的城镇。
这些社区对罗马和庞培保持着深厚的依附之情。
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公元前73年，卢修斯·李基尼乌斯·卢库鲁斯，曾是苏拉的主要副手，被任命为奇里乞亚（cilicia）行省的执政官，并担任第三次米特里达梯战争（third mithridatic war）的指挥官。
这场战争始于公元前74年，当比提尼亚（bithynia）最后一位统治者去世并将王国留给罗马时，米特里达梯六世（mithridates VI）和亚美尼亚的大帝提格兰（tigranes the Great）随即发动入侵。
卢库鲁斯是一位出色的将领，赢得了许多胜利，但他声称拖延战争以谋求“权力和财富”的言论引发了元老院的调查，到公元前69年时他的军队已感到疲惫和叛变。
公元前68年，昆图斯·马尔基乌斯·雷克斯（quintus marcius Rex）取代卢库鲁斯担任奇里乞亚的指挥，而马尼乌斯·阿基利乌斯·格拉布里奥（manius Acilius Glabrio）接管比提尼亚的指挥。
他也开始领导对米特里达梯的战争，但在公元前67年米特里达梯重新占领大部分本都（pontus）时未能做出果断反应，随后又攻击了罗马的盟友卡帕多西亚（cappadocia）。
在此情况下，公元前66年庞培利用平民保民官的职权通过了《马尼利亚法》，赋予他在小亚细亚广泛的权力，以便击败米特里达梯，这些权力是在《加比尼亚法》所授予的基础上增加的。
虽然元老院私下里对一人拥有如此大的影响感到愤怒，但因担心庞培的人气，还是允许这项法案通过。
卢库鲁斯因被替换而愤怒，称庞培为“秃鹫”，指责他从他人的功劳中获利，这既指他的新指挥权，也指他声称结束对斯巴达克斯（Spartacus）的战争。
庞培与帕提亚国王弗拉特三世（phraates III）达成联盟，成功说服他入侵亚美尼亚。
当米特里达梯提出停战时，卢库鲁斯主张战争已经结束，但庞培要求的让步无法被接受。
米特里达梯兵力不足，撤退到亚美尼亚，庞培紧随其后，并在公元前66年底在莱库斯（Lycus）打败了他。
根据当时的记载，米特里达梯和一小部分随从逃脱了战斗，甩掉了追兵，抵达黑海的科尔基斯（colchis）。
在那里，他从支持罗马的统治者、他的儿子马卡雷斯（machares）手中夺回了奇美尔河口（cimmerian bosporus），马卡雷斯随后自杀。
与此同时，庞培在年轻的提格兰的支持下入侵亚美尼亚，其父很快就达成和解。
作为对卢库鲁斯所夺亚美尼亚领土的恢复，他支付了可观的现金赔偿，并允许罗马军队在他的领土上驻扎。
公元前65年，庞培出发征服科尔基斯，但为了达到目的，首先必须镇压各个地方部落和米特里达梯的盟友。
在经历了一系列胜利后，他抵达法希斯（phasis）并与他的黑海舰队指挥官塞尔维利乌斯（Servilius）会合，但随后高加索阿尔巴尼亚（caucasian Albania）爆发的新叛乱迫使他退回。经过阿巴斯（Abas）之战的胜利，庞培得以对阿尔巴尼亚人施加条件，并与高加索北侧的其他部落达成停战协议。庞培随后在亚美尼亚过冬，解决了他与帕提亚和提格兰之间的边界小争端和袭击事件。
依靠海上封锁来削弱米特里达梯，庞培在公元前64年吞并了叙利亚（Syria）的独立富裕城市，将其纳入新的罗马行省。
在此过程中，他获得了大量财富和声望，但也遭到了罗马对手的批评，他们认为这样做超出了他的权限。
与此同时，年迈的米特里达梯在他的另一位儿子、来自本都的法尔纳凯斯二世（pharnaces II）的包围下被逼入潘提卡帕乌姆（panticapaeum）。
据说他试图通过服毒自杀，但因长期服用“预防性解毒剂”而未能成功，最终被叛军杀死。
法尔纳凯斯将他的遗体进行防腐处理后送给庞培，作为回报，他获得了博斯普鲁斯王国，并成为罗马的盟友。