安条克十二世·狄奥尼索斯第一次对纳巴泰人（Nabataeans）的战争始于公元前87年，包括了在摩索（motho）附近的战役，现代的伊姆坦（Imtan），位于豪兰（hauran）地区，历史学家汉斯·彼得·罗欣斯基（hans peter Roschinski）提出了这一观点，他参考了拜占庭历史学家斯特凡努斯（Stephanus）所写的《拜占庭志》（Ethica）。
斯特凡努斯在他的着作中保存了乌拉纽斯（Uranius）关于阿帕美亚（Apamea）的失传着作《阿拉比卡》（Arabica）的片段，该书的写作时间大约是在公元300年。
在乌拉纽斯的记载中，安提柯一世（Antigonus I）（公元前306–301年在位）在摩索被一位名为拉贝尔（Rabbel）的阿拉伯国王杀害。
摩索这个名字可能指的是豪兰地区的一个北方城市，或者摩押（moab）地区的一个南方城市。
学者们常常将安提柯的名字“更正”为安条克（Antiochus），认为乌拉纽斯指的是安条克十二世。
罗欣斯基认为，斯特凡努斯可能将两场发生在纳巴泰国王拉贝尔一世（Rabbel I）统治时期的事件混淆了：安条克十二世第一次纳巴泰战争中的摩索战役和第二次纳巴泰战争中安条克十二世的战败。
然而，沙茨曼（Shatzman）指出，斯特凡努斯在其着作中并没有提到摩索战役发生在北方。
趁着兄弟不在，菲利普一世占领了大马士革，并得到了该市总督米利修斯（milesius）的帮助，后者向他打开了城门。
根据约瑟夫斯（Josephus）的记载，米利修斯没有得到菲利普一世的奖励，菲利普一世将背叛归咎于米利修斯的恐惧。
这导致米利修斯背叛了菲利普一世，后者因前往附近的赛马场参加活动而离开了城市。
米利修斯将城门关上，把菲利普一世锁在外面，并等待安条克十二世的归来。
当安条克十二世得知兄弟占领了城市后，匆忙结束了自己的战役。
现代学者指出，在与敌对国王（或篡位者）作战时，塞琉古货币上的国王形象通常会刻上胡须。
在安条克十二世的前两年，他的硬币上没有胡须，但在公元前85\/84年，他的形象出现了胡须。
这可能与菲利普一世攻击大马士革有关，但这一推测证据不多，因为安条克十二世并未采取任何行动反击兄弟。
在菲利普一世占领大马士革期间，没有铸造过任何货币，说明他对这座城市的占领是短暂的。
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尽管安条克十二世·狄奥尼索斯的领土直接与纳巴泰（Nabataean）接壤，但在他的第二次纳巴泰战役中，他选择将军队沿犹太（Judaea）沿海地区推进。
这一行动可能意在攻击纳巴泰人控制的内盖夫（Negev），从而切断加沙（Gaza）港口城市，威胁纳巴泰人的地中海贸易，并遏制其在外约旦（transjordan）的扩张野心。
这条路线让安条克十二世得以遏制亚历山大·扬内乌斯（Alexander Jannaeus）的威胁。
根据约瑟夫斯（Josephus）的记载，这位犹太国王惧怕安条克十二世的意图，命令修建“扬内线”（Yannai Line），包括一条壕沟和前方的防御墙，墙上设有木塔。
壕沟全长28公里（17英里），从卡弗萨巴（caphersaba）延伸到靠近约帕（Joppa）的海边。
安条克十二世夷平了壕沟，焚毁了防御工事，继续向纳巴泰领土进军。
约瑟夫斯关于此战役的记载存在争议。
他写道，安条克十二世的军队击败了亚历山大·扬内乌斯的部队，但八世纪的历史学家乔治·辛塞勒斯（George Syncellus）则提到安条克十二世在犹太国王手下遭遇了一次失败。
“扬内线”的存在也遭到一些历史学家的质疑，约瑟夫斯对亚历山大·扬内乌斯试图阻止安条克十二世进军的解释也不尽如人意，因为犹太和纳巴泰人以及叙利亚人彼此为敌，这两个强权之间的冲突对亚历山大·扬内乌斯是有利的。
辛塞勒斯的陈述可能指的是叙利亚国王与亚历山大·扬内乌斯之间的早期对抗。
因此，辛塞勒斯的言论支持这样一种观点，即安条克十二世的第二次纳巴泰战役也针对犹太。
或许安条克十二世打算兼并亚历山大·扬内乌斯的沿海城市，以报复辛塞勒斯所提到的失败。
另一个目的可能是为了压制犹太人，以防止他们在安条克十二世忙于纳巴泰事务时攻击叙利亚。
安条克十二世和纳巴泰人之间的最终战斗发生在一个名为卡纳（cana）的村庄附近。
这个地点的确切位置未知，但现代学者普遍认为其位于死海（dead Sea）西南方。
历史学家齐格弗里德·米特曼（Siegfried mittmann）认为卡纳即为如今被称为霍瓦特·乌扎（horvat Uza）的基纳（qina），约瑟夫斯在其《古代记事》（Antiquities）第十五卷中曾提到该地。
约瑟夫斯的记载显示，纳巴泰人运用了佯装撤退的战术，然后在叙利亚军队尚未整队之际反攻。
安条克十二世成功整合了部队并抵御了攻击，但他亲自站在前线，冒着生命危险，最终在战斗中阵亡。
关于安条克十二世去世的年份存在争议，但他在大马士革发行的最后一批钱币的纪年为公元前83\/82年。
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根据约瑟夫的记载，国王的死导致叙利亚军队遭遇大溃败，许多人在战场上或撤退途中丧生。
溃败后的幸存者藏匿于卡纳（cana），但大部分人死于饥饿。
安条克十二世·狄奥尼索斯是最后一位精力充沛的塞琉古国王。
菲利普一世在试图吞并大马士革后几乎无迹可寻，而在安条克十二世死后，大马士革失去了保护者。
为了防范伊图雷亚王国（Iturea）的统治者托勒密（ptolemy），大马士革的民众邀请纳巴泰（Nabataea）国王阿雷塔斯三世（Aretas III）接管城市。
钱币学家奥利弗·d·胡佛（oliver d. hoover）认为阿雷塔斯三世在大马士革的统治并不长久，之后城市重新回到塞琉古统治。
关于安条克十二世的妻子身份仍然没有确切的记载，但根据六世纪历史学家约翰·马拉拉斯（John malalas）的说法（虽然学者普遍认为他的着作不太可靠），国王有两个女儿，分别是克利奥帕特拉（cleopatra）和安条基斯（Antiochis）。
在安条克十世去世后，公元前89\/88年，藏匿起来的克利奥帕特拉·塞勒尼（cleopatra Selene）利用安条克十二世的死，宣布她的儿子安条克十三世（Antiochus xIII）为国王。
她自己成为摄政王和新的女王。
在她的摄政期间铸造的硬币显示其为大马士革铸币厂所铸。
然而，最后一位塞琉古国王实际上是安条克十三世（Antiochus xIII），他在公元前64年被推翻，之后，安条克被罗马吞并。
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安条克十三世继父亲安条克十世去世后登上了王位，时间大约在公元前92年到公元前85年之间。
新国王年幼，他的母亲，托勒密王朝的叙利亚公主克利奥帕特拉·塞勒尼（cleopatra Selene）成为了摄政王。
公元前83年，提格兰二世（tigranes II）征服叙利亚后，克利奥帕特拉·塞勒尼前往罗马，试图使她的儿子被承认是埃及的国王，但没有成功。
然而，在公元前75年到公元前73年之间，他们被承认是“叙利亚的国王”，并“维持了王室地位”。
克利奥帕特拉·塞勒尼最终被提格兰二世捕获并杀害。
之后，提格兰二世被卢修斯·李基纽斯·卢库卢斯（Lucius Licinius Lucullus）在提格拉诺切塔战役（battle of tigranocerta）中击败后，安条克十三世被安条克居民拥立为国王，卢库卢斯批准他成为叙利亚的附庸王。
公元前64年，庞培（pompey）通过叙利亚酋长桑比塞拉穆斯一世（Sampsiceramus I）废除了安条克十三世的王位并将其杀害。
安条克的去世通常被认为标志着塞琉古王朝的终结。
但是，菲利普二世·菲洛罗马乌斯（philip II philoromaeus）继承了王位，他只是一个微不足道的棋子，统治时间短暂。
他可能娶了埃及的女王贝蕾尼丝四世（berenice IV），但因为缺乏礼貌被新娘杀死。