当“良乡大捷”的消息以雪片般的速度传回京师时，整个城市都为之沸腾了！
官方的塘报和由厂卫控制的邸报，用尽了赞美之词，浓墨重彩地描绘了崇祯皇帝如何御驾亲征，坐镇李家村大营，指挥若定；靖南伯黄得功如何奋勇当先，定西伯唐通如何调度有方；最终以不足十万之众（实际可能更少），一举击溃了号称二十万的流贼刘芳亮南路大军，甚至还“顺带”击退了小股遭遇的“东虏”（鞑清）游骑！塘报上更宣称，此战斩获流贼重要头目及精锐老营兵首级达两百余颗，缴获旗帜、军械无数！
这如同神话般的战果，震动了整个京师！消息迅速传遍天下，引发了前所未有的广泛讨论。起初，许多人，尤其是那些对朝廷和官军早已失去信心的士绅官员，对此消息都抱着强烈的怀疑态度，认为这不过是朝廷为了稳定人心而刻意夸大的宣传。然而，随着前线陆续送回的“捷报”细节（包括唐通等人缴获的流贼和部分清军的首级、装备）得到确认，人们不得不相信——大明，似乎真的打了一场前所未有的大胜仗！
一时间，京城百姓欢欣鼓舞，奔走相告，认为这是上天庇佑、大明中兴的吉兆！连日来因瘟疫、动乱而产生的阴霾，似乎都被这场突如其来的胜利冲淡了不少。然而，在士林之中，尤其是与东林党、复社关系密切的文人群体里，反应却极为复杂。他们一方面为流寇主力受挫而感到庆幸，另一方面，却又对这场胜利是由那位他们日益厌恶、甚至恐惧的皇帝所主导，并且极大地提升了皇帝的威望和军方的地位，而感到五味杂陈，甚至隐隐不安。
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崇祯皇帝自然不会放过这个利用胜利果实、进一步巩固自身权力和推行改革的机会。他深知军心士气之重要，更明白自己之前在李家村大营许下的承诺，必须立刻兑现。
“传旨！” 在接受百官朝贺之后，崇祯立刻下达了旨意，“凡在此次良乡之战中，作战英勇、表现突出之将士，无论原属何营何卫，皆按军功大小，予以破格封赏！其中，功勋卓着者，可准其本人及其直系子弟，脱离原军户或佃农身份，转为民籍，编入地方保甲，准其自由婚配、迁徙、应试！此乃朕对忠勇将士之酬功，亦是为激励三军效死之心！”
这道旨意，如同在平静的湖面投下了一颗巨石，尤其是在江南地区，引发了轩然大波！
允许立功士兵及其子弟脱离军户、佃农身份，成为自由民？这在江南那些坐拥万顷良田、依靠大量佃户和隐形军户（许多卫所军士早已沦为将领或地方豪强的私人佃农）生存的士绅地主们看来，无异于是挖掘他们的根基！他们立刻意识到，这不仅会让他们失去对大量廉价劳动力的控制，更是一个极其危险的信号——皇帝连祖制身份都可以随意更改，下一步，是不是就要清查他们的田产，向他们这些“不纳税”的特权阶层开刀了？！对皇帝近期一系列抄家、集权举措本就心怀不满的江南地主们，此刻更是感到了切实的威胁！
他们不敢公然反对皇帝的“恩旨”，便立刻通过各种渠道，向他们在朝中或士林中的代言人——复社的士子们施加压力。于是，各种看似“忧国忧民”的言论便甚嚣尘上。复社的领袖们或撰文、或集会，表面上赞扬皇帝仁慈，实则大谈“祖制不可轻改”、“身份各有其序”、“骤然变更恐致天下大乱”，暗示皇帝此举虽是“善意”，却可能引发更严重的社会动荡，以此来表达他们对皇帝新政的强烈反感。
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而在京师，一些残存的、尚未被彻底清洗的东林书院背景的官员和士子，如在士林中颇有名望的候方域等人，更是毫不掩饰他们对崇祯皇帝的鄙夷和不满。他们公开在各种场合批评此次“良乡大捷”名不副实，认为不过是侥幸打赢了一场小规模的遭遇战，将胜利归功于流寇内部生变或是鞑虏的意外介入（尽管他们可能并不知道全部真相），完全是皇帝运气好罢了。他们甚至放言，这位崇祯皇帝，虽然看似手段狠辣，实则志大才疏，与汉唐雄主相比，简直有云泥之别，根本不配相提并论！
这些士子们，一方面表现出对皇帝新政和个人威望提升的强烈不满与嫉妒，另一方面，却又在暗地里，试图利用朝局动荡和皇帝对厂卫的倚重，通过各种关系，打探消息，甚至尝试为之前被牵连的同党开脱，谋取私利，其言行之虚伪，令人不齿。
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就在南北士林都对崇祯的新政和胜利表达着或隐晦或公开的不满之时，远在南京的马士英，这位被崇祯寄予厚望、用以钳制南都东林势力的吏部尚书，开始行动了。
这一日，南京秦淮河畔，复社成员们正在其书院总部“水绘园”中集会，高谈阔论，议论着京师的“大捷”和皇帝的“暴政”，言辞间充满了对朝廷的不屑和对自身“清流”身份的自傲。
突然，书院大门被猛地撞开！大批身着官服的衙役和兵丁，在马士英的亲自带领下，闯了进来！
“奉旨查察！尔等聚众结社，非议朝政，形迹可疑！所有人等，不许走动！立刻交出所有往来书信、账册，接受检查！” 马士英手持一份盖有吏部大印（或许还有密旨）的文书，厉声喝道。他显然是想利用皇帝赋予的权力，以“查察”为名，强行搜查甚至封锁这座复社的大本营！
书院内的士子们又惊又怒！为首的正是年轻气盛、才名远播的候方域！他排开众人，上前一步，毫不畏惧地与马士???对峙：“马大人！此乃文人讲学议论之所，非是贼巢匪穴！尔无三法司会审之令，无刑部勘合之文，竟敢擅自带兵闯入！是何道理？！莫非马大人以为，仗着京师那位……的宠信，便可无法无天，欺辱我辈读书人吗？！” 他言辞犀利，直接质疑马士英的权力和合法性。
马士英看着眼前这个年轻的、却已是名满江南的复社领袖，眼中闪过一丝冷笑。他也不多言，直接从怀中掏出一卷黄绫圣旨，高高举起：“放肆！本官乃是奉当今陛下密旨行事！候方域，你难道……敢质疑圣旨不成？！”
圣旨？！
看到那卷象征着至高皇权的黄绫，听到马士英的话，候方域等一众复社士子，脸色瞬间变得煞白！他们怎么也没想到，皇帝的意志和权力，竟然已经如此直接、如此迅速地，降临到了他们头上！方才还嚣张对峙的气氛，瞬间变得无比紧张和危险！
皇帝与士林之间那早已存在的深刻矛盾，在这一刻，于江南水乡的这座书院之中，彻底爆发了出来。这场由“良乡大捷”所引发的政治风波，显然还远远没有结束。