天启二年四月到六月，《大明月刊》连着发行了二十余期号外，内容绘声绘色写的跟话本一样，不是有基层官员和农民“吐槽”缺少指导农事的官员以致误了农时，就是一堆国内外商人“哭诉”市舶司推诿扯皮，致使损失大批货物。
这种事本身就是真实存在的，故而迅速在全国各地引发激烈讨论，不少感同身受者甚至嚷嚷着要写万民书呈奏天子。
七月初一，以顾秉谦和崔呈秀等为首的帝党成员集体上疏，请求改市舶司为海关总署，在广州和漳州二地设立分署，统一关税。
此举一出，立即引起了包括但不限于东林党成员的强烈反对。
有明一代，收商税就是个老大难，万历皇帝因为派矿监收税，不知挨了多少骂，如今朱由校想学万历，自然是要挨骂的。
当然，反对者不敢直接骂朱由校，就指桑骂槐说顾秉谦等人是奸佞小人，要求将几人革职为民，永不录用。
但很快一大波地方官员上疏表示支持成立海关总署，这一下打的反对派措手不及。
见此情形，朱由校适时出来表态：“设立海关总署不仅是为了方便商贾出海经商，同时也是为了方便朝廷收取关税充实国库，海关收的关税，朕一分也不会挪用，朕会发道圣旨，让天下臣民一同监督。”
对于这种话，反对者不少持怀疑态度，但嘴上又不能说，说出来就是大罪一条，轻者降职，重则法办，怎么办？大家只能认栽，总不能说他们家亲戚的船队不想缴税，所以反对设立海关总署吧。
如此一来，绝大部分人最后只能默许了改市舶司为海关总署，反正就是换个名头，以前该怎样，以后想必也差不到哪去。
不过他们这个想法很快就破灭了，三天后朱由校抛出了一本《关税条例草稿》，前世他曾有位同学在进出口公司工作，对于关税他也算懂得一些皮毛，因此这本《条例》也不算是闭门造车之作，其主要内容是对海关的职责、进出口货物的关税税率以及对逃税漏税者的处罚做了规定。
按照《条例》规定，进出口货物将按照单式税则进行征税，考虑到此时中国超高的贸易顺差，出口货物税率要高于进口货物税率。
这也是朱由校的无奈之举，现在与后世不同，没有那么多人跪舔洋货，想要征收关税，只好先拿自己人开刀，反正现在的中国货在国外也没竞争对手，不怕没市场。
进出口货物一同征税在大臣们看来倒是没什么问题，问题是朱由校制定的税率，进口货物最低2%，最高30%；出口货物最低4%，最高40%，这简直要人命，出海贸易风险那么大，还没卖出去货物，先征这么多税，这谁还愿意出海做生意了！
明代早期关税实行抽分制，市舶司抽取两成实物抵税，到了隆庆开关以后，关税主要分为四个部分，分别是引税、船税、价税和额外税。
咱们重点说说这个额外税，由于自给自足的经济环境，大明很少进口货物，这就导致许多商船返回大明时只装了一些白银，没有货物便没法征税，于是便有了这个额外税，按船征收，每条船征银一百二十两。
朱由校制定的最高税率不仅高于实物税，也高于现行关税，自然是收获反对声一片，你设立海关总署就忍了，还想收这么高的关税，做梦去吧，老子就是官不当了，也不能同意！
一连争吵了十几天，最终双方妥协，出口税率降到最低2%，最高25%，进口关税税率不变，但对只运白银回国的船继续征收额外税，税银每条船一百五十两。
虽然出口关税税率被砍了近一半，但朱由校也非常满意了，他本也没指望自己定的税率能通过，之所以定那么高，完全是为了跟这帮人讨价还价。
海关有了，税率也定下来了，接下来就是海关总署主事人选了。
这么一个肥差，那肯定挤破脑袋，朝里朝外一帮大臣纷纷上疏，推荐自己的亲朋好友。
朱由校自然有自己的人选——袁枢，自从去年制科拔得北方场头筹，袁枢就一直处于被雪藏的状态，很多人都已经忘了这位袁家大公子了。
那么袁枢这一年时间都在干嘛呢？学习！他一直在泰西学院学习，而且得到朱由校的亲自教导，算得上实打实的“天子门生。”
袁枢这种才子，学起什么都快，他很快便学会了后世初中水平级别的数学知识，随后又学会了简单的经济学知识以及统计学知识，同时还跟金尼阁等人学习了欧洲诸国的地理、天文等知识，现在说他学贯东西一点没病都没有。
谁也没想到朱由校会让一个名不见经传的小白人登上如此高位，反对的声音再次高涨起来，然而这一次朱由校并不打算让步。
双方就这么僵持住了，朱由校索性一连几日都躲着不露面，连奏疏也不批，一度让人怀疑他是不是又偷跑出去了。
这样的氛围一直持续到了七月二十九，这一天，顾秉谦一伙人又制造了一个大新闻，他们再次联名上疏，说是秋收在即，为了指导百姓农事，减少百姓疾苦，请求设立农业部。
如果说改市舶司为海关总署不过是一个衙门换个名字，这成立农业部已经是在改革官制了，这下还得了，群臣闻风而动，纷纷上奏反对，袁枢出任海关总署主事一事成了牛夫人，再也无人问津了。
朱由校目的就在此，他赶忙给袁枢配了关防大印，让他离开北京往漳州和广州改组市舶司，为防遭到当地势力阻挠，他还让尚学礼带着一千人的禁卫军精锐随行。
送走了袁枢，朱由校又有闲心跟这帮反对派打起了嘴仗，《大明月刊》再次发力，接连数日推出号外，几大御用写手纷纷出手，支持设立农业部，认为这是皇帝仁政爱民的举措，谁反对就是祸国殃民！
这下节奏带的飞起，京城周边的百姓很快都知道了，远一些地区的百姓也很快知道了，一时间成为热议话题，各地百姓群情激愤，纷纷指责反对派官员是在祸国殃民。
别说是在文盲率超高的古代了，就算普及义务教育的21世纪，老百姓跟风起哄也是常态，只要有人说这是对他们好，那就跟风支持。
反对派大臣们这下傻了，祸国殃民这帽子可太大了，谁也不想被骂祖宗十八代，一时间很多人纷纷跳反，变成支持者。
与此同时，大臣们也明白了年初朱由校为什么要搞这个《大明月刊》了，果然是早有预谋，今时今日，《大明月刊》的影响力已经无人可以撼动了，以后朱由校想做什么事恐怕是没人能阻止的了了。
而就在这节骨眼上，又有一帮地方官员出来支持设立农业部，反对派终于孤掌难鸣，败下阵来。
随后朱由校宣布成立农业部，以左光斗为农业部尚书，下辖水利、畜牧、渔业、清丈四司，同时成立农业研究院，以徐光启为农业部左侍郎兼农业研究院院判，其泰西学院祭酒一职由李之藻接替。
农业部能如期成立，这里面也有东林党的不少功劳，此次他们并没有多少人出来反对，毕竟一开始他们就知道左光斗是内定的农业部尚书，多控制一个实权部门，东林党就多一分力量，他们自然懒得反对。
至此，在这个时空延续千年的六部制正式终结。