崇祯八年九月，
孙传庭领兵部尚书衔，总督四川军务，全权主持四川诸事宜。原四川巡抚王维章即日解任，召回京师听候勘问。着擢倪元璐为都察院右佥都御史，巡抚四川，总揽民政，安抚地方。令户部协同漕运、驿道诸司，即刻筹措粮草辎重，火速发运四川，不得延误。
石砫宣慰司（石砫县）有秦良玉坐镇，酉阳宣慰司（酉阳县）由冉天麟、冉跃龙管辖，天全六番招讨司（天全县）则由高跻泰、杨之明等效忠朝廷——这些西南土司，尚且在大明的实际控制与影响范围之内。
然而，像乌蒙军民府、乌撒军民府、东川军民府、镇雄军民府这些，近的分布于云南、贵州边陲，远的甚至地近缅甸、越南边界，山高路远，政令难通。朱由检心里清楚，对这些地界，朝廷能做的也唯有“羁縻”二字。
“得，”他暗自思忖，“能把眼前这几家牢牢稳住就不错了。”
只要这些土司首领还名义上尊奉朝廷，肯接受册封，表面上承认他这个皇帝，那在地图上他们就还算大明的疆土。至于钱粮赋税？朱由检对此根本不抱指望——他们不闹事，能维持边疆大体安稳，便是最好的贡献了。
随着孙传庭与倪元璐率领三万京师精锐开赴四川，朱由检并未闲置后方。他深知西南局势盘根错节，绝非单凭大军征剿所能彻底平息，当地土司的态度至关重要。
为此，他亲笔撰写了数封密信，分别送至石砫的秦良玉、酉阳的冉天麟与冉跃龙、天全的高跻泰与杨之明等几位实力雄厚且一向较为恭顺的土司首领手中。
信中，他首先以皇帝的身份，恳切希望他们能以大局为重，协助孙传庭大军稳定四川局势，并推行旨在清查田亩、均平赋税的“丈量之法”。但紧接着，他话锋一转，作出了一个极其重要且务实的承诺：朝廷此次清丈，绝不会触及诸位土司世代管辖的领地。
为明确界限，他更进一步要求各位首领：“卿等可速速具表上奏，自行陈明所辖田土之至范围，朕即依此颁旨定界，永为信诺。”
此举可谓一举两得：既安抚了土司，免其疑虑朝廷欲夺其世业，从而换取他们的合作而非对抗；又以一种相对省力且尊重传统的方式，大致理清了“改流”区域与“土司”区域的界限，为后续治理奠定了基础。
朱由检的算盘打得很清楚：眼下首要之务是平定叛乱、恢复秩序。只要这些地头蛇愿意承认朝廷权威，在关键问题上配合，暂时不动他们的奶酪，无疑是代价最小、效率最高的选择。
秦良玉、冉天麟、冉跃龙、高跻泰、杨之明等几位土司首领在接到皇帝的亲笔信后，反应虽略有差异，但最终都选择了审慎的配合。
秦良玉的反应最为迅速和坚定。她虽已年高，但忠君之心从未动摇。阅信后，她当即对儿子马祥麟（虽心思多在沈云英处，但此刻亦被母亲严厉督促）说道：“陛下圣明，既保全我等世业，又予尊重，我石柱自当效死力以报皇恩。”她不仅第一时间上表，极为详尽地列明了石柱宣慰司的管辖范围，更主动表示愿派麾下熟悉地理民情的白杆兵为孙传庭大军充当向导，并提供粮草支援。
酉阳的冉天麟与冉跃龙兄弟二人仔细权衡后，也认为这是眼下最好的安排。皇帝既给了台阶，又做了实质性的保证，若再不识趣，恐怕下一步来的就不仅仅是丈量土地的文官，而是孙传庭的剿匪大军了。他们很快便联名上奏，恭敬地呈报了辖地界限，并表示愿听从孙总督调遣，协助维持地方秩序，清剿不服王化的匪类。
天全的高跻泰与杨之明则更为谨慎一些。他们反复商议，确认信中承诺无误后，才最终决定响应。他们的奏疏来得稍晚几日，内容也更为周详，几乎将每一处山头、河谷的归属都写得清清楚楚，生怕日后朝廷反悔。他们在奏疏中同样表达了恭顺之意，承诺会确保辖内安定，协助朝廷官员。
数封奏疏陆续送达京师，朱由检阅后，终于稍稍松了口气。这一步棋，他算是走对了。至少，在即将到来的川蜀风暴中，他成功地为孙传庭争取到了这些地头蛇的中立乃至有限的支持，而非将他们彻底推向对立面。
朱由检此番动作，绝非心血来潮——他将原四川巡抚王维章革职查办，又遣心腹重臣孙传庭携三万京师屯军精锐直入蜀地，这般兴师动众，总不可能是为了帮那群拥兵自重、割据地方的军头，或是藏匿山中的匪盗，又或是那些贪赃枉法、盘剥百姓的地方官们“建设美丽新四川”的。
明眼人都看得清楚，皇帝陛下磨亮了刀，是要来刮骨疗毒的。这三万精锐，是震慑宵小的泰山压顶之势；那随之而来的丈量清丈之策，则是要斩断盘根错节的地方利益链条。孙传庭所至之处，军法、皇权、新政便是唯一的准则。以往那些阳奉阴违、欺上瞒下的勾当，如今怕是再也行不通了。
孙传庭的大军尚未抵达川境，恐慌的气氛便已悄然蔓延。当一股百余人的流寇逼近夔州之际，当地官员的表现可谓不堪入目——川东兵备道正使周士登、夔州府通判王上仪、推官刘应侯三人，身为守土之责的首要官员，最先想到的不是组织军民御敌，而是匆忙收拾细软，准备带着家眷逃之夭夭。
若非朱由检此前出于成全马祥麟的心思，“顺手”将沈至绪升任为夔州卫指挥使，并将其女沈云英调任为该卫千户，偌大一个夔州府城，恐怕真就要在这几位庸官的带头奔逃下，被区区百余流寇一鼓而下，沦为笑柄。
正是这看似“无心插柳”的人事调动，在关键时刻发挥了中流砥柱的作用。沈至绪临危不惧，迅速组织起可用兵力；沈云英更是巾帼不让须眉，披甲执锐，亲自率部迎战。父女二人协力，终将来犯之敌击溃，保住了夔州城免遭涂炭。
此番夔州化险为夷，在不知内情的外人看来，分明是陛下深谋远虑、知人善任的英明体现——早早便将忠勇可靠的沈家父女调至要害之地，一举挫败贼人图谋，保全一方安宁。
一时间，“陛下圣明”、“洞见万里”的赞誉之声不绝于朝野。甚至有人由衷叹服道：“咱们陛下这用人之准、算计之深，简直堪称‘赛诸葛’！他卧龙先生再神机妙算，能及得上咱们陛下这真正决胜于千里之外的乾坤手段吗？”
这般议论传开，朱由检在臣民心中的形象越发高深莫测起来。唯有他自己心里清楚，这其中多少有些误打误撞的运气。但无论如何，这份“天赐的巧合”确实巩固了他的威望，也让后续的川蜀大计，推行得更加名正言顺。
此事当中，自然少不了马祥麟的身影。他是如何“参与”的呢？——当他远在石柱，风闻“自家沈姑娘”（虽只是他一厢情愿的认定）所在的夔州府被贼寇围困，这小子顿时急红了眼，竟连兵马都顾不上召集，单枪匹马便冲出大营，日夜兼程朝着夔州方向狂奔而去。
一路上，他脑海中早已演练了无数遍自己如神兵天降般杀入敌阵、于万军之中护得沈云英周全身姿飒爽的场景，甚至连该如何潇洒收剑、该如何关切地问候“沈姑娘受惊了”的言辞都想好了。他铆足了劲，一心要逞这个英雄，耍一回帅，好叫心上人瞧瞧：我马祥麟来得多么及时！对你又是何等上心！
奈何现实最是不解风情。他人不离鞍、马不停蹄地狂奔了两天两夜，待他气喘吁吁、尘满面鬓如霜地赶到夔州城下时，却只见城门大开，百姓往来如常，唯有城头上新添的几处箭痕和硝烟印记，默默诉说着不久前这里确实发生过一场战事。
仗，早就打完了。
沈家父女不仅安然无恙，更已指挥兵士开始清扫战场、加固城防。他这番“千里救美”的热忱，最终只换来了守城兵士疑惑的打量，以及沈云英一句客套而疏离的“有劳马将军挂念，贼寇已退”。
消息传回石柱，自然免不了被其母秦良玉知晓。这位素来刚毅的老将军闻讯，又是好气又是好笑，当即将灰头土脸归来的儿子叫到跟前，结结实实一顿痛骂：“混账东西！为一己私情，竟敢擅离汛地！若此时苗疆有变，或虏骑犯边，尔该当何罪？！逞匹夫之勇，误军国大事，我秦家怎生出你这等糊涂东西！”
马祥麟此番“壮举”，可谓帅没耍成，反倒沦为了军中笑谈，更吃了老娘一顿严厉家法，着实是赔了夫人又折兵。
这世上最令人憋闷之事莫过于此——你明知对方在睁眼说瞎话，却碍于身份规矩，不能当即给他一个大嘴巴子。
眼下，朱由检的御案上便并排摆着这样几份截然相反的奏章：一边是夔州卫指挥使沈至绪呈报的守城经过详奏及为有功将士请功的帖子，字字朴实，详列了战守经过、斩获数目及部下功绩；而另一边，却赫然是川东兵备道周士登、夔州府通判王上仪、推官刘应侯三人联名上奏的弹劾本章。
臣夔州卫指挥使沈至绪谨奏：崇祯八年九月十一日，有流寇一股约五百余众，突犯夔州府境，直逼城下。时府城守备空虚，臣闻警即率卫所官兵并募集青壮登城守御。臣女千户沈云英，主动请缨，披甲执锐，亲临前沿，督战尤力。经一昼夜激战，仰赖陛下天威，将士用命，终将贼众击溃，斩首二百一十五级，俘获三十二人，余者遁入山林。夔州府城得以保全，百姓免遭涂炭。此番守城，官兵奋勇，百姓协防，皆有功绩，谨列名单于后，伏乞陛下恩准叙功，以励士气。
臣川东兵备道周士登、夔州府通判王上仪、推官刘应侯谨奏：窃查夔州卫指挥使沈至绪，性情暴戾，行事乖张。近日流寇扰边，本为小股癣疥之疾，然沈至绪不察虚实，不听劝阻，轻率启衅，擅自率兵出击，以致激怒贼众，引兵扑城，险些酿成大祸！夔州城险遭不测，皆因其贪功冒进所致。臣等彼时正欲出城联络周边卫所，以期合围贼寇，绝非其所谓弃城而逃。沈至绪不仅不反思己过，反诬陷忠良，欺瞒圣听，其心可诛！伏乞陛下明察，严惩沈至绪轻躁启衅、欺君罔上之罪，以正纲纪！
朱批
“周士登、王上仪、刘应侯：尔等弃城逃遁之行，朕已洞悉。竟敢颠倒是非，诬陷忠良，欺君罔上，罪加一等！着锦衣卫即刻锁拿进京，交刑部、都察院、大理寺三司会审，从严议罪！钦此。”
随即，他又亲自草拟一道嘉奖圣旨：
“奉天承运皇帝，制曰：夔州卫指挥使沈至绪，忠勇性成，临危不乱。率众御敌，保境安民，功在社稷。着加授昭勇将军衔（正三品），赏银百两，纻丝二表里。千户沈云英，巾帼英杰，骁勇善战，堪为表率。着擢升为指挥佥事（正四品），仍领夔州卫事，赏银五十两，纻丝一表里。其余有功官兵，着兵部依沈至绪所报清单，从优议叙赏赉。望尔等砥砺忠忱，再建新功！钦此。”
夔州卫指挥使司正堂，香案早已设好
宣旨太监朗声诵读完毕，将明黄绫缎的圣旨合拢，含笑看向跪在最前方的沈家父女：“沈指挥，沈佥事，接旨吧。皇恩浩荡，可喜可贺啊！”
沈至绪双手高举，恭敬地接过那沉甸甸的圣旨，声音因激动而略显沙哑：“臣，沈至绪，谢陛下隆恩！吾皇万岁，万岁，万万岁！”他身后的沈云英及一众将领也随之叩首谢恩。
起身后，沈至绪仍难掩激动，对太监拱手道：“有劳公公远来。保境安民乃臣等本分，竟蒙陛下如此厚赏，实是……实是惶恐！”他话语诚挚，眼中闪烁着被认可的微光。一旁的沈云英也英姿飒爽地行礼，清晰说道：“末将谢陛下信任，定当恪尽职守，不负圣望！”
宣旨太监笑着还礼：“沈指挥、沈将军不必过谦。陛下看了您的奏报，可是龙颜大悦，对二位的忠勇赞不绝口。尤其对沈将军（他看向沈云英），陛下特意嘱咐，说是‘巾帼不让须眉，实乃我大明将士之楷模’。”
这话一出，周围将领看向沈云英的目光更是充满了敬佩。沈云英虽性格飒爽，此刻也不禁微微颔首，道：“陛下过誉，云英愧不敢当。”
与此同时，另一队锦衣卫缇骑则如虎狼般直扑川东兵备道衙门和周士登、王上仪、刘应侯等人的府邸。
“周士登（王上仪\/刘应侯）！尔等欺君罔上、临阵脱逃、诬陷忠良之事发了！奉皇上圣旨，拿下！” 锦衣卫冷酷的声音伴随着铁链的哗啦声，打破了官衙的宁静。
周士登等人面如死灰，瘫软在地，全然没了当日准备逃跑时的“机灵”和上奏弹劾时的“义正辞严”，在百姓的指点和唾骂声中，被如狼似虎的校尉们拖拽锁拿而去。