咸丰六年初秋，杭州城内外已是战云密布。韦昌辉亲率太平军西路主力数万人，挟连克州县之威，进抵杭州城下，将这座东南名城围得水泄不通。城头，清军旗帜猎猎，守军严阵以待，巡抚罗遵殿、八旗将军瑞昌连日登城督战，誓言与城共存亡。然而，看似坚固的城防之下，内部反抗的浪潮却在快速蔓延。
围城数日，太平军并未急于发动总攻。韦昌辉采纳了林阳“攻心为上”的方略，一方面令部队大张旗鼓地挖掘壕沟、构筑工事，摆出长期围困的架势，给守军施加巨大的心理压力；另一方面，利用沈葆等内应提供的城内虚实，不断将劝降书信射入城中，宣扬太平天国“有田同耕，有饭同食”的政策，并重点分化城内团练与八旗、绿营兵之间的矛盾。
这一招果然奏效。城内粮价飞涨，人心惶惶。被强征入城的民夫怨声载道，部分本就对八旗兵待遇优渥不满的绿营兵和团练，在太平军“只诛首恶，胁从不问”的宣传下，开始军心浮动。
时机逐渐成熟。
是夜，月黑风高。杭州城清波门附近，一片死寂中潜藏着躁动。沈葆府中的心腹家丁，借着夜色的掩护，悄然摸近了城门附近的守军驻地。他们并非去厮杀，而是将掺有强效蒙汗药的酒肉，送到了几个关键哨位“犒劳”守夜的绿营兵。这些底层兵丁早已饥肠辘辘，对上司的克扣怨气冲天，见到沈家送来的“好意”，大多未加怀疑。不过半个时辰，几个要害位置的哨兵便已鼾声如雷。
与此同时，在沈葆提供的城防图上标注出的几段相对薄弱的城墙下，太平军工兵营的精锐，正利用夜色的掩护和土工作业的噪音，悄无声息地将tNt炸药埋设到位。
子时三刻，正是人一天中最困倦之时。
韦昌辉站在城外高处，目光如炬，盯着漆黑的城市轮廓。他深吸一口气，猛地挥下手：
“发信号！爆破！三发红色的信号弹蹿上夜空，划出刺目的轨迹。
几乎在信号弹升空的同时——
“轰！”
“轰隆！”
地动山摇般的巨响猛然从清波门、涌金门方向炸响！埋设的炸药被同时引爆，巨大的冲击波将两段城墙连同上面的城楼、守军一起抛向空中，砖石横飞，火光冲天，瞬间撕开了杭州城看似坚固的防御体系！
“天兵进城了！降者免死！”
震天的喊杀声从爆破口外传来！早已蓄势待发的太平军突击队，如同决堤的洪水，从城墙的豁口处汹涌而入！他们三人一组，交替掩护，手中的乌兹冲锋枪喷射出致命的火舌，迅速清理着被炸蒙了的残存守军。
城内的混乱瞬间达到顶点。被爆炸声惊醒的守军仓促应战，指挥系统陷入瘫痪。更致命的是，早已被策反或动摇的部分绿营和团练，此刻非但没有全力抵抗，反而有人调转枪口，高喊着“开城迎天兵”，加入了制造混乱的行列，甚至主动引导太平军向城内纵深冲杀。
沈葆府邸的大门也轰然打开，数百名手持棍棒、火铳的家丁护院，在沈葆心腹的带领下，冲上街头，一边“维持秩序”，一边配合太平军攻击仍在顽抗的八旗驻防兵据点。
瑞昌将军闻变，惊怒交加，亲率八旗兵试图夺回城墙缺口，却在狭窄的街巷中遭到了太平军突击队和倒戈团练的迎头痛击。太平军火力凶猛，战术灵活，八旗兵虽悍勇，但在这种巷战中完全无法发挥，死伤惨重，节节败退。
巡抚罗遵殿在衙门内听得外面杀声震天，知大势已去，长叹一声“辜负皇恩”，竟真的悬梁自尽，实践了他“与城共存亡”的誓言。
战火持续了一夜。待到天明，杭州城内的主要抵抗基本被肃清。太平天国的黄旗插上了杭州城头，宣告着这座东南重镇、财富之地的易主。
韦昌辉在亲兵的簇拥下，骑马进入硝烟尚未散尽的杭州城。街道上随处可见战斗的痕迹和俘虏的清军，但更多的百姓则紧闭门户，透过门缝惊恐又好奇地打量着这支传说中的“长毛”军队。
沈葆带着一众杭州士绅商贾，早早候在主要街道旁，见到韦昌辉，连忙跪倒一片，口称“恭迎北王千岁”，极尽谦卑。
韦昌辉骑在摩托上，看着这群昨日还是大清顺民，今日已跪迎新主的富绅，心中虽有胜利的豪情，但他也知道，这些人并非真心归附，不过是审时度势的投机罢了。
“都起来吧。”
韦昌辉声音洪亮，
“尔等能识时务，助我天兵光复杭州，保全城中百姓，也算有功。我天朝说话算数，既往不咎，尔等身家产业，天兵一律保护！但需谨记，从今往后，需遵我天朝法度，若有阳奉阴违，两面三刀者，休怪本王刀下无情！”
“谨遵北王教诲！我等定当竭诚效忠天朝！”
沈葆等人连忙叩首保证。
很快，太平天国的安民告示贴满全城，宣布废除清廷苛政，减免赋税，推行《天朝田亩制度》。黑鸦小队和随军行政官员迅速接管府库，清点物资，维持秩序，并开始着手甄别清算少数民愤极大的顽固官员和旗人将领的罪行。
杭州的陷落，如同在清廷已然千疮百孔的江南统治版图上，砸下了一记重锤。财富之源被切断，残存的江南江北大营更加孤立。消息传开，整个江南为之震动，尚在清廷控制下的州县，更是人心离散，许多地方官开始暗中寻找退路。
金陵东王府内，林阳接到韦昌辉的捷报，脸上露出了满意的笑容。他走到巨大的地图前，将代表杭州的标记换成了太平天国的黄色。
“杭州已下，苏南、浙北门户洞开。传令石达开，加快向苏州、松江进军！命令陈玉成，加大对江北大营的压力，让他们彻底变成瓮中之鳖！”