徐光启的到来，如同一块投入平静湖面的巨石，在朱由检心中激荡起层层希望的涟漪。那次长达数个时辰的西暖阁奏对，不仅仅是君臣之间的礼仪性会见，更是一次灵魂与理念的深度碰撞。朱由检能清晰地感受到，这位饱经风霜的老臣，那颗致力于“实学”的心并未因岁月的磨砺和政治的打压而冷却，反而在得到最高权力认可的那一刻，重新迸发出灼热的能量。
接下来的几天，朱由检并未急于给徐光启安排具体的官职——那套繁琐的吏部铨选程序以及可能引发的朝堂争议，暂时不在他的考虑范围内。他给予徐光启的，是一道加盖了内承运库印信、 走了常规行政流程的特旨，以及他本人的绝对信任。
旨意明确：着徐光启全权负责“格物院”之筹建，一应人员招募、场地规划、物料采买、章程制定，皆由其便宜行事，可直接奏报御前，所需款项由内帑直接拨付。
这是一种前所未有的授权，近乎于独立的“小朝廷”。徐光启捧着这道沉甸甸的旨意，老泪纵横之余，更是感到了千钧重担。他知道，这不仅是他个人学术理想的延续，更是一场只能成功、不能失败的豪赌，赌的是新皇的权威，赌的是大明未来的国运。
他没有丝毫耽搁，甚至婉拒了皇帝让他在驿馆多休憩几日的建议。第二天一早，他便换上了一身利落的深色布衣，在王承恩指派的几名熟悉宫苑事务的小太监陪同下，再次来到了西苑皇庄，那片曾经诞生了第一块玻璃的僻静院落。
此时的院落，比朱由检上次来时又扩大了不少，相邻的几间仓房也被清理出来。炉火依旧日夜不息，工匠们在李福的带领下，正按照皇帝和徐光启即将带来的新思路，尝试着改进玻璃的配方和工艺，目标是制造出更纯净、更平整、更适合制作光学器件的玻璃。
徐光启的到来，让李福等工匠有些手足无措。这位老人虽然衣着朴素，但气度不凡，更持有皇帝的特旨，显然地位尊崇。
“诸位师傅不必多礼。”徐光启和颜悦色，没有丝毫翰林学士的架子，“老夫徐光启，奉陛下之命，协助诸位在此处做些‘格物’的学问。往后，还需倚仗各位的巧手。”
他没有急于发表意见，而是花了整整一天时间，默默地观察。他看工匠们如何配料，如何控火，如何鼓风，如何浇筑，甚至亲自拿起铁钳，感受玻璃熔液的粘稠度。他仔细查看了那些成功与失败的样品，询问每一个细节，记录下工匠们凭经验摸索出的窍门和遇到的难题。
他的专注与谦和，很快赢得了工匠们的好感。当夜，在摇曳的油灯下，徐光启铺开纸张，结合白日的观察和自己的学识，开始绘制格物院的初步规划图。
他并未将这里视为一个单纯的手工作坊。在他的蓝图中，这片区域被清晰地划分出几个功能区：物料库房，用于存放和预处理各种原料；熔炼工坊，核心区域，集中了各类窑炉和加工设备；精加工区，负责玻璃的切割、打磨、抛光以及后续的镀镜等深加工；测绘制图室，用于记录数据、绘制图纸、进行理论推算；甚至还包括了一间小小的藏书阁，他计划将自己收藏和翻译的一些算学、几何、工艺书籍放置于此，供有志者查阅。
“格物之道，需手脑并用，理论与实践结合。”他在给朱由检的初步奏报中写道，“工匠知其然，而学士需知其所以然。二者相辅相成，方能推陈出新。”
除了规划硬件，徐光启更注重“人”的因素。他深知，仅靠皇庄原有的几名工匠是远远不够的。在征得朱由检同意后，他开始利用自己过往的人脉和声望，悄然物色人才。他写信给几位因各种原因罢官或不得志、但精通算学或工艺的门生故旧；他也通过仍在钦天监任职的旧相识，打听是否有对“泰西新学”感兴趣的年轻官员；他甚至请王承恩帮忙，从内廷的宦官中，寻找那些心灵手巧、对机械制作有兴趣的年轻人。
这个过程并非一帆风顺。有些人听闻是去一个名不见经传的“格物院”，与工匠为伍，觉得有失身份，婉言谢绝；有些人对魏忠贤的势力心存忌惮，不敢与这位曾被阉党打压过的徐光启走得太近。
但徐光启并不气馁。他秉持着“宁缺毋滥”的原则，耐心地寻找着志同道合者。同时，他将主要的精力放在了皇庄内部，开始对李福等现有工匠进行最基础的“扫盲”。他并不要求他们精通四书五经，而是从实际出发，教授他们最简单的度量衡概念、基础几何图形，以及如何用统一的标准去记录每次试验的配料比例、温度变化和成品质量。
“李师傅，你看，”他拿着一把自制的卡尺，耐心地比划着，“若我们能将玻璃的厚度控制在‘分’毫之间，那么制作透镜时，聚焦便能更为精准。这，便是格物之理于具体工艺中的应用。”
李福等人起初觉得这些“学问”枯燥无用，但慢慢地，他们发现，当按照徐先生教的方法记录和比较后，确实能更快地找到失败的原因，改进的方向也更明确了。一种名为“标准化”和“数据化”的萌芽，开始在这座古老的皇庄实验室里悄然生长。
朱由检密切关注着格物院的点滴进展。他每隔几日便会微服前来，有时带着新的想法——比如他提出了“凸透镜聚光可生高温”、“利用不同形状透镜组合或可制‘千里眼’”等概念；有时则只是静静地看上一会儿，感受那种不同于朝堂的、专注于技术本身的蓬勃朝气。
他看到徐光启与工匠们围在一起，为了一个工艺细节争论得面红耳赤；他看到年轻的学徒在油灯下，笨拙却认真地临摹着几何图形；他看到测绘制图室的墙上，渐渐挂满了各种设备和零件的草图……
这一切，都让他感到无比的欣慰。
他知道，格物院这株幼苗还十分脆弱，它的存在触动了传统科举体系的神经，它的成果挑战着“重道轻器”的固有观念，它必然会引起朝野上下，尤其是那些保守势力和既得利益者的反扑。
但看着徐光启那虽显疲惫却目光坚定的身影，看着工匠们眼中逐渐燃起的、不再是单纯执行命令而是带着探究欲望的光芒，朱由检心中充满了信心。
“这里，孕育着的才是大明真正的未来。”在一次离开皇庄时，他对陪同的王承恩轻声说道，语气中带着不容置疑的笃定。
格物院的雏形，已在这片被炉火映红的院落里，悄然勾勒而出。它不仅仅是一个机构，更是一颗火种，承载着一个来自未来的灵魂和一位本土科学巨匠共同的梦想，即将在这片古老的土地上，燃起一场颠覆时代的科技烈焰。而这场烈焰的第一道光芒，或许就将由那些越来越纯净、越来越平整的玻璃，折射向更广阔的世界。