北京，格物院医学所。
空气中弥漫着酒精、草药和一种淡淡的、类似鸡蛋腐败的怪异气味。一间被黑绒布窗帘严密遮挡的实验室内，烛火摇曳，将几个俯身于一台奇特仪器上的人影投在墙壁上，如同皮影戏中的剪影。
那仪器主体是一个黄铜制成的圆筒，两端镶嵌着打磨得极其光滑的水晶透镜，筒身配有精密的齿轮调节旋钮——这正是格物院光学坊根据皇帝朱由检提供的模糊原理图，历经数年失败，最终试制成功的“显微之镜”（显微镜）。虽然放大倍数不过百倍，成像还有些模糊和色散，但这已然是超越时代的眼睛。
主持实验的是医学所主事，一位年约四旬、名叫吴有性的郎中。他原本是南方一位以治疗瘟疫着称的名医，因思想开明、不泥古法，被格物院征召。此刻，他正小心翼翼地用一根细如发丝的银针，从一个敞开的、已经有些发臭的伤口脓液样本中，挑起一丝黏液，置于一片极薄的透明琉璃片（载玻片）上，盖上另一片更薄的琉璃片（盖玻片），然后将其固定在显微之镜的载物台上。
他深吸一口气，凑近目镜，缓缓转动调节旋钮。跟随在他身边的，除了他的年轻助手，还有一位来自讲武堂军医司的官员，以及一位被特许进入、脸色依旧有些苍白的伤兵——他手臂上的创伤曾严重溃烂，高烧不退，几乎被军中医官判了死刑，却在一系列新的处置方法下奇迹般好转。
“看到了……看到了！”吴有性的声音因激动而有些颤抖，他猛地抬起头，眼中满是震撼与难以置信，“真的有！无数细小的、球状的、杆状的‘微虫’！它们在动！在脓液里游弋、翻滚！数量之多，如同恒河沙数！”
军医司官员和那伤兵也迫不及待地轮流上前观看。当那前所未见的、充满活动的微小生命世界呈现在眼前时，军医官倒吸一口凉气，而伤兵则吓得差点后退一步，喃喃道：“俺的娘咧……原来……原来当初俺胳膊里，就是这些鬼东西在作祟……”
吴有性直起身，因长时间保持一个姿势而有些眩晕，但他的思路却异常清晰，他转向军医司官员，语气斩钉截铁：“王大人！现在可以确定了！伤口之所以会红肿、发热、流脓，乃至引发全身高热（败血症），并非完全是‘风邪’、‘火毒’入体，更是因为这些肉眼看不见的‘微虫’——我们暂称之为‘病菌’——侵入人体，在其中大量滋生、破坏所致！”
他指着旁边一个炭炉上煮沸着的水壶，以及几个浸泡在浓烈烧酒（酒精）中的手术器械：“而之前我们试验的，用沸水反复冲洗伤口，用这高度烧酒擦拭创面，乃至将所有接触伤口的布条、器械都用沸水或蒸汽处理过的方法，之所以能显着降低溃烂和高热，正是因为高温和这烈酒，能杀死或抑制这些‘病菌’！”
这就是朱由检凭借超越时代的记忆，向格物院医学所暗示的“病菌说”与“高温消毒法”的雏形。经过无数次摸索和对照实验（甚至不惜用动物和死刑犯创伤感染模型），吴有性团队终于初步验证了这一理论的正确性。
“陛下真乃天纵圣明！”吴有性由衷感叹，即便皇帝只是给出了模糊的方向，“此说若真能确立，实乃医学千年未有之突破！”
讲武堂军医司的王大人激动得脸色通红。他太清楚这意味着什么了。以往战争中，直接阵亡的士兵往往只有三四成，更多的伤亡来自于战后的伤口感染和军营瘟疫！若此法推广，不知能挽救多少精锐将士的性命！
“吴主事！我立刻返回讲武堂，禀明上官，请求在全军推广此法！所有军医、医护兵必须学习！所有伤兵营必须建立‘消毒’规程！”王大人几乎是吼着说道。
很快，一套基于“病菌说”和“高温消毒法”的《新式战伤救治与军营卫生条令》草案，被迅速拟定，并通过电报发往各大新军驻地以及遥远的澳洲新金陵镇。
数周后，天津卫，一处新军演练基地。
模拟战场上硝烟弥漫（使用少量火药制造效果），一场对抗演习刚刚结束。“伤员”们被迅速抬往临时设立的野战医院。与以往混乱、肮脏的景象不同，这里的军医和穿着白色罩衣的救护兵（条令要求）都戴着以沸水煮过的棉布口罩，双手也用烧酒仔细擦拭。
一处帐篷内，一名“腿部中弹”的士兵被抬上手术台。军医迅速用剪刀剪开他的裤腿，露出“伤口”（用猪血和颜料模拟）。他没有像过去那样直接用手指或未经处理的布去探查，而是用一把从沸水中捞出的、还冒着热气的铜钳，夹起一大团用沸水煮过、又在阳光下暴晒过的棉纱，蘸取大量烧酒，用力擦拭伤口周围的皮肤。
“忍住！清洁不彻底，溃烂起来更要命！”军医低声喝道，手下不停。随后，他用另一把煮沸过的小刀（模拟清创），进行简单处理，最后用洁净的、经过蒸汽处理的棉纱绷带进行包扎。整个过程虽然依旧简陋，却透着一股前所未有的严谨。
帐篷外，设立了专门的“器械煮沸处”和“敷料处理处”，所有用过的器械和布条都必须经过严格处理才能再次使用。
随军的军医司观察员仔细记录着每一个环节。初步的数据显示，采用新法处理的模拟伤员，其“创口红肿化脓率”远低于沿用旧法的对照组。
与此同时，在遥远的澳洲新金陵镇，条件虽然艰苦，但沈廷扬也接到了来自北京的急件和《条令》草案。他立刻下令，在移民营地中严格执行新的卫生规定：饮用水必须煮沸，生活垃圾定点堆放并定期焚烧掩埋，发生腹泻、发热者立即隔离……这些措施在某种程度上，也缓解了移民们因水土不服和聚集生活带来的疾病困扰。
紫禁城内，朱由检看着吴有性呈上的详细实验报告和军医司的初期推广反馈，脸上露出了欣慰的笑容。他知道，这仅仅是开始，“病菌说”的真正证实和抗生素的发现还遥不可及，无菌手术更是奢望。但这一步迈出，意义非凡。它不仅仅能挽救无数将士和平民的生命，更重要的是，它代表了一种基于观察、实验和逻辑的现代科学精神，正在这个古老的帝国里，冲破经验的壁垒，生根发芽。
“传朕旨意，”朱由检对太医院院使吩咐道，“擢升吴有性为格物院医学所副院正，赏银千圆。其团队成员，各有封赏。太医院选派精干人员，前往格物院医学所，系统学习‘病菌说’与消毒之法。并着手研究，如何在北京、南京等大城，初步建立城市公共卫生规条，防控瘟疫。”
医学的进步，如同黑暗中的一缕微光，虽然微弱，却预示着帝国在提升自身“软实力”、保障国力的道路上，又迈出了坚实的一步。这救命的学问，终将与坚船利炮一样，成为帝国崛起不可或缺的基石。