其实最根本的原因还是治理没有跟上，尤其是对地方的控制力不足。郡县制刚刚执行，地方官员多为旧贵族出身，甚至大部分老百姓还没有从诸侯割据的思维中转换过来。所以秦始皇暴毙这个诱因刚刚出现，全国各地就已经是分崩离析了。
刘铮深刻明白，统治不仅靠武力，更需靠制度与人心。两汉以来实行几百年的三公九卿制已经落伍了，部门官员一家独大的决策制度已经不再适合社会经济的发展。刘铮决定把隋唐以后确定的三省六部制早点推出来，对社会管理进行更加专业详细的分工，并进行分权和制衡，提高行政效率以及具体施政的科学性和稳定性。
此外刘铮到目前还是汉献帝下面的一个臣子，如果按照东汉的旧制设置官僚体系，名不正则言不顺，容易引起别人的非议。如果用一种全新的方式来构建官僚体系，别人就不好对此说三道四了。反正自己从一开始，就打着改革的名号，有点推陈出新的东西也不足为奇。
会上刘铮宣讲了自己的新政构想，政府核心管理层下面设置六个独立的部门，分别为吏户礼兵刑工。每个部门都设有正副职，以及中央和地方的分支机构，形成上下贯通、职责分明的管理体系。吏部掌管官员选拔与考核，户部负责财政与户籍，礼部主管礼仪教化，兵部统筹军备、后勤和考核，刑部掌理司法刑狱，工部则专责工程营造。另外还设置御史台作为监督机构，负责监察百官，纠察违法失职行为；军机处负责统筹全国军事调度与边防布防，直接对最高决策层负责，以确保军令畅通、反应迅速，及时有效地应变各种战争事件。
六部和御史台的设置，沿袭了隋唐的制度框架，但是刘铮效仿大清增加了军机处。这个增加非常重要，直接把文官武将的权力切割开来，使得军政与民政分离，保证战争这种要求决策效率又相对比较专业的领域，不会被文官系统干扰或者延误战机，还有泄密。
记得明朝就曾发生了一件令人啼笑皆非的事情。当时崇祯帝面临着内忧外患，财政困难，国力维艰，生死存亡的关键时刻，不得已命令兵部尚书陈新甲秘密地和后金议和。为什么要议和，不用多说，先稳住一头嘛，集中兵力和财政先把农民起义平定。任何一个政权在选择和对手相处模式的时候都是由各种原因决定的，而不是统治阶级单纯的感情用事。
比如汉初高祖刘邦打不过匈奴，只能和亲。这并不是因为刘邦怯懦，或者对匈奴有什么感情，而是现实力量对比的结果。到了汉武帝刘彻时期，经过几代的励精图治，国力强盛，兵强马壮，于是主动出击，派卫青、霍去病等名将深入大漠，彻底击溃匈奴主力，改变了汉匈之间的攻守态势。
所以，真正决定国家对外政策的，从来都不是统治者的个人情感，而是国家的实力与战略需求。同样，一个政权在面临多重压力时，必须学会权衡利弊，做出最有利于生存与发展的选择。崇祯这个时候和后金议和是一个非常明智的选择，仅从这一点上看，他并不是顽固不化。
为什么要秘密地进行呢？这就是明朝的特殊国情和政治。明朝从朱棣开始就是天子守国门，坚持从不和亲，割地、赔款的对外政策，可以说是一个非常硬骨头的王朝。但是明朝中后期却产生了严重的党争，出现了一个看热闹不嫌事大的食利阶层-东林党。他们往往为了自己的政治利益，不惜牺牲国家大局。尤其是掌握了舆论，动不动就对政敌口诛笔伐，祖宗十八代都能给你骂得冒烟，甚至连皇帝也不放过。这种情况下，崇祯这种具有城下之盟性质的媾和行为，就显得异常敏感。一旦被东林党抓住把柄，就会掀起轩然大波，甚至导致朝局动荡。崇祯不得不秘密进行，也是为了避开口水之争，防止国家大事被舆论裹挟。
就这么一件事，崇祯帝反复叮咛，最后还是被陈新甲泄露了出去。他竟然当成了塘报放在桌子上，让人拿去摘抄。
结果消息不胫而走，引发朝野哗然。东林党人趁机大做文章，将议和之举斥为卖国行径，煽动舆论对崇祯帝施压。原本出于国家利益的权宜之计，被政治斗争无限放大，最终导致议和计划破产。崇祯帝恼羞成怒，将陈新甲问罪处死，却无法挽回局势。
假设崇祯帝议和成功，暂时稳住东北边境，把拥兵自重的关宁铁骑抽调回来，集中力量围剿李自成、张献忠等农民军，没准真能为明朝争取一线生机。然而，这一丝希望也随着议和的失败化为泡影。
这件事充分说明了，专业的人一定要去做专业的事。封建王朝历来在和平年代处处防范武将，生怕其拥兵自重，滋生祸乱。防范是有必要的，但也不能因噎废食，走向另一个极端，以文御武。文官大部分人天生不是打仗的料，更不可能具备军事家的战略眼光。所以有宋一朝，重文抑武，导致对外战争频频失利，整个国家在军事上显得极为被动，而经济上的繁更凸显了武力的孱弱，老百姓辛辛苦苦积累的财富不够贴人家的。
而清朝却从根本上改变了这一局面，最主要的就是军机处的设置。兵部虽然也保留了一些军队的职能，但主要是后勤和管理。军机处才是国防、军队的核心机构，直接听命于皇帝，极大提高了军事决策效率，减少了官僚体系的掣肘。这种专业式的军事管理体系，使清朝在对外战争中展现出更强的战略灵活性与执行力。对比明朝，其军事体制在后期逐渐僵化，不仅文官掣肘武将，还常常因党争导致战略决策滞后或失误。清朝的军机处正是对这一问题的有效回应，也为后来的国家治理提供了重要借鉴。