这份诏书一出，可谓是重磅消息，不少臣子都是一副我不明白但是大受震撼的表情。
科道最先作出反应，以左都御史葛守礼领衔，科道御史们痛切上疏，要求朱载坖收回成命，科道言官们认为，国朝祖制，从未赋予过哪个臣子这么大的权力，即便是总督也不过最多两省之地，这次朱载坖令张居正督师南京，将整个东南托付给他，这是有违祖制的，不能给他这么大的权力，葛守礼等人要求朱载坖收回成命。
甚至一些御史跑到张居正家中去闹事，要求张居正不能接受朱载坖的诏书，大部分臣子也不能理解朱载坖这样做的意义何在。毕竟在倭寇最猖獗的时候，朝廷也不过设置浙直总督总管军务，现在倭寇已经平息，这个时候还派遣大员，出镇南京，专阃东南，这是何道理啊？
不过已经有细心的官员通过研究圣旨看出了一些端倪，张居正的职务是督师南京，节制浙直闽广等处军务事兼督理粮储，这个职务设置是很有意思，一般朝廷派遣大员总揽军务的话，应该后面是督理粮饷才对，而张居正的职务后面是督理粮储，也就是说，张居正的主要任务是催征税粮，并将之解运京师。
这样一来，朱载坖派遣张居正的目的也就昭然若揭了，不少东南出身的官员上疏表示反对，认为东南已经有总督巡抚，再派张居正督师东南实际上是无用之举，其实他们已经很清楚朝廷为什么要派张居正去南京，就是因为朱载坖对于之前的催征不满意。
朱载坖认为既然派御史或者是督粮参政去催征税粮没什么效果，那朱载坖就要派出更有分量的臣子以更加有力度的方式去催征税粮，和之前督粮御史或者督粮参政不同，他们嘴都能够差遣地方州县的官差来催征，这些州县小吏早就被士绅们喂饱了，哪里肯卖命。
而张居正可不一样，他可是持节假节钺赐天子剑的专阃大员，他去催征，调动的可是朝廷的官军去催征，现在东南官军可不是之前的卫所官军，而是真的上过战场砍过倭寇的百战雄师，再加上张居正这个方面大员，砍个把士绅连报告都不用打，被砍了你都没地方说理去。
所以东南出身的官员们竭力阻止张居正出镇，他们一方面上疏朱载坖，请求朱载坖收回成命，一方面给张居正施加压力，同时请求徐阶代为说项，但是徐阁老很清楚，朱载坖整顿东南的决心很坚定，何况徐阶自家的事情还不知道怎么办呢，哪有功夫管这些事，反正死道友不死贫道的。
朱载坖对于这些奏疏，一律留中不发，根本不理睬这些人，而徐阶也没空搭理他们，张居正更是表示，君赐之职，岂可遽辞？
朱载坖在忙于南京方面的各种官员的调整，朱载坖很清楚，仅凭张居正一个人也不能包打天下，不仅要派遣张居正去东南，还要有各种官员的配合，第一个就是苏州知府的人选，虽然张居正是督师，但是很多庶务还是需要地方州县官府来配合的，苏州是东南重镇，要催征税粮，苏州是关键点，也是破局点，只有解决了苏州欠粮的问题，整个东南欠粮的问题才能被解决。
所以一个精明强干的苏州知府是很重要的人选，朱载坖和内阁诸臣以及吏部商量之后，朱载坖任命户部陕西司主事蔡国熙为苏松兵备副使、苏州知府，蔡国熙是高拱的门生，高拱认为蔡国熙精明强干，又长于理财，到了地方不会被衙门小吏所欺骗。
同时，朱载坖还开始了一系列的人事调动，首先是内廷序列，黄锦以年老上疏请辞，朱载坖不允，仍令黄锦任司礼监掌印，但是令滕祥提督东厂办事官校，愿司礼监秉笔、御马监太监高忠请辞，朱载坖予以准允，以御马少监冯保接任司礼监秉笔见御马监掌印，原内官监太监李芳加司礼监秉笔，朱载坖的贴身太监刘忠也任司礼监秉笔，派南京内守备。
然后就是武将勋臣系统的调整，原辽东总兵恭顺侯吴继爵调任南京中军都督府左都督、佥书中军都督府事，任南京守备，原大同参将黑春升任辽东总兵，广东总兵俞大猷升任提督浙直等处水陆军务事，还有之前在京营任职的黔国公沐昌祚，朱载坖也下令沐昌祚出镇云南，任镇守云南总兵，佩平蛮将军印。
在朱载坖调整了东南的文武官员之后，张居正正式出镇东南 、督师南京。
在张居正启程的当日，朱载坖亲送于宣治门，同时当场颁布命令，以蓟镇分守参将吴惟忠部充张居正麾下标营，给了张居正六千兵马，作为张居正的亲兵，同时朱载坖还下达命令，锦衣卫掌南镇抚司指挥佥事严绍庭升任锦衣卫指挥使掌南京锦衣卫事。
朱载坖要整顿东南的决心已经非常明显了。
而在张居正走后，胡宗宪也向朱载坖上疏，陈述了自己对于开海的设想，胡宗宪认为，开海只通东西二洋，不得往 日本倭国，亦禁以硝黄、铜、铁违禁之物夹带出海。关于税收，进口关税基本按照两宋的税率参照执行，而对于出口关税，胡宗宪认为，执行粗、细两种税率，对于丝绸、茶叶、瓷器等外国紧缺而且利润丰厚的产品，按照货值征收十分之三的税收，而不值钱或者利润较低的产品，征收十分之一的关税。
同时对于海关官员的设置，胡宗宪也提出了自己的看法，海关在各省设分司，沿海各省设立缉私参将一员，负责统帅近岸水师快船，查缉走私，对于抓获走私的人员，比照私自通番从重处罚。
胡宗宪还建议，开海不宜全面放开，而是先开一处，如浙江的宁波，或者福建的泉州，一口通商，观其成效之后再渐次放开，这样最为稳妥。