潘季驯的计划是先筑高家堰，保障漕运，然后一面迁移百姓和泗州城，一面修筑新河，这样的话，力争在三到五年之内将整个工程完工，所以每年投入的大概在五十到七十万两左右。
这依然不是一个小数字，马森等人对于投资这么大在河道上显然是不赞同的，大明的财政现在并不充裕，大量的投资于河工，一旦九边有事，朝廷根本没有储蓄，这怎么能行。
而且潘季驯自己都不能保证花了这二百万两银子之后，水患就能够平息，事实上潘季驯自己也说过，即便是这些工程都完工，也仅仅能够防御五十年一遇的洪水，一旦水势过大，这些堤防依旧不能保障平安。
朱载坖对此倒是不在乎，他自己也很清楚，仅仅依靠堤防，就像防御洪水，显然是不太现实的，能不能投资，主要是看朝廷的账怎么算。
朱载坖于是和诸位臣子们一道算起这个账来了，要算这个账，其实并不复杂，无非就是得失而已。
朝廷要修筑这些一整套水利设施，当然首先就是巨额的投入了，以潘季驯估算的，一次性的投入就是二百万两白银，还有后续的维护费用，这些是的投入，当然为了迁移百姓，地方州县还得有一部分投入，同时迁走的百姓肯定是要蠲免赋税的，这个其实也算是一笔隐形开支。
那么朝廷能够得到什么呢？
第一就是漕运的稳定，这对于朝廷来说是最重要的事情，漕运的稳定意味着朝廷可以稳定的获得东南的漕粮，这个有助于保证北方的稳定。
第二就是祖陵的安全，这是政治上的收益，无论是朱载坖、内阁还是后来的治河官员，不至于因为祖陵的安全问题而处于进退维谷的情况，这点也是很重要的。
第三就是减少了朝廷赈济百姓的开支，虽然潘季驯坦陈即便是一应工程完工，也就仅仅能够防御五十年一遇的洪水，但是足以避免中小规模的洪水对百姓的危害，减少很大一部分的朝廷赈济开支和维护漕运的开支，同时从另一个方面保证朝廷的收入。
因为一旦发生水灾，朝廷肯定是要蠲免赋税的，这些一来一去，朝廷从中的收益还是很明显的，所以朱载坖认为河工必须要推行。尽管开支巨大，但是这个工程对于朝廷来说还是有利的。
朱载坖当即拍板，支持潘季驯的治河方略，而接下来的问题就是钱财从哪里出了，按照潘季驯的规划，第一阶段朝廷主要是修筑高家堰，需要耗银三十五万两，而马森则明确表示，今年的财政都已经安排出去了，没有余钱再拨给潘季驯了，要不然在明年户部编制预算的时候再将河工编列进去。
朱载坖认为，河工刻不容缓，岂能耽搁，朱载坖先从内帑拨银，支持潘季驯筑高家堰大堤，明年的圣谕工程再编列进入预算中去，只要时机成熟，就立即动工。
同时朱载坖还要求潘季驯重视河南的河工，因为受黄河水患最严重的就是河南，水旱灾害是河南流民的主要成因，朱载坖要消除流民，河南的水旱灾害是朱载坖必须要重视起来的。
还有就是漕运的问题，现在每年完成四百万的漕粮运输都是极为困难的事情，朱载坖仔细查阅了嘉靖以来京通仓接收漕粮的数据，按照朝廷的规矩，每年缴纳到京通仓的漕粮和白粮一共应当是四百一十九万石，但是实际上能够运输到通州入库的粮食一般都没有达到这个数字，总是会略有减少。
少的的时候甚至会少于三百五十万石，朱载坖对于此事显然极为忧虑的，漕粮干系甚大，虽然朱载坖一直在通过海运的方式弥补，但是海运的漕粮是有其他用处的，现在漕运仍然是主要的运输方式，朱载坖要求潘季驯会同漕运总兵卢镗，务必督促运军，按时按量解运漕粮，减少路途上的损耗，同时提高运军待遇。
潘季驯赶紧领命，朱载坖对潘季驯说道：“潘总河，运河之重，淮泗百姓之安，祖陵风水之要，朕就都托付给潘总河了！”
潘季驯赶紧领命，同时朱载坖还赐予潘季驯银章，准许他有事密疏直奏。
在淮安待了快十天之后，朱载坖再次启程，返回京师，来的时候朱载坖没有注意运河，在回程的路上，朱载坖开始仔细观察这条大明的大动脉。
同时漕运总兵卢镗亲自带兵护卫朱载坖，并且一路上向朱载坖讲解运河的状况。漕粮运输的漕船有一万两千艘，船只使用年龄为5-10年，每年需要补充2000艘新船。在临清、南京和清江浦设有造船厂，每年仅是修造漕船的开支就是一笔不菲的费用。
过了徐州以北，运河水量相对充沛，不需要牵引，若是遇到天气大旱的时候，各地的官府要征发大量的民夫，用以拖曳漕船，为了这每年四百万的漕粮，大明可谓是费尽了心力。
所以朱载坖在船上对诸位重臣说道：“漕粮解运之后，务必要妥善保存，不允许有盗卖漕粮的事情发生，这些都是民脂民膏啊！不仅是东南百姓的民脂民膏，也是运河两岸百姓的民脂民膏！”
为了解运这四百一十九万漕粮和白粮，朝廷要向东南各州县征收本色八百二十万石，方能解运京师四百一十九万石，这些漕粮对于大明来说，是极为金贵的，所以朱载坖责成马森，一定要看好京通仓。
在历经五个月的南巡之后，朱载坖终于回到了京师，留守京师的内阁首辅李春芳奉监国太子朱翊釴之命，亲自到通州恭迎圣驾，朱载坖下船之后首先发布命令，护驾官军人给银一两、布一匹，已做赏赐。
李春芳等人请朱载坖立即回宫，因为很多事情还需要处理，但是朱载坖选择把陈贵妃送回宫内之后就在通州休整一夜，同时召练兵总理大臣戚继光赴通州陛见。