高拱说道：“陛下，这制科科举，采用何种体例？”
朱载坖说道：“前宋之体例备置，可以参考。”
朱载坖的意思很明确，以宋制科作为蓝本，制定大明制科的考试内容。
高拱说道：“陛下，兹事体大，还是先令翰林院向两宋之制整理之后，再下阁部商议，取自圣裁。”
朱载坖答应了，先令翰林院将整理两宋的各项制度后再上奏。而朱载坖增加解额的上谕下达之后，虽然阁部重臣们竭力压制手下的官员们上疏，但是总是有铁头娃想要挑战朱载坖的底线，礼部、吏部已经都察院的一些官员们向朱载坖上疏，认为这次增加解额，有不公平的地方。
朱载坖当即处置了其中跳的比较高的几人，将其罢官的罢官，调职的调职，但是这次朱载坖显然低估这些官员们的决心的，这是为了他们自己的家乡争取，所以一众南方出身的官员跳的很高，纷纷向朱载坖上疏，声称解额增加不公，将矛头对准了首辅高拱和吏部尚书杨博，因为他们两人是北方人，所以很多官员们认为他们偏袒自己的家乡，为北方争取更多的解额。
对此朱载坖的态度就是要杀一儆百了，朱载坖随即传召锦衣都督朱希孝，命令将工部主事姜士昌、监察御史詹仰庇等出位沽名的四人下诏狱严审，严查其中是否有结党之事。
锦衣卫的突然行动并没有使这些官员们退缩，反而使得一些所谓的大员们上疏，南京刑部尚书王世贞、右副都御史吴时来等接连向朱载坖上疏，认为此次解额的增加，过于偏袒北方的，朱载坖也立即作出反应，王世贞、吴时来罢官、削籍，永不叙用，敢有再以此事渎扰的，必杖毙之！
敢有结党妖言，胁迫君上的，必诛之，夷其三族！在朱载坖的严厉警告下，这些官员们才有所收敛，朱载坖随即下诏，朱载坖在诏书中警告朝臣们，敢有结党之事，朕必夷其三族，以免其为害社稷。同时对于那些假借书院、讲学等，招纳同党，还有就是乡党抱团的，朱载坖也严厉警告他们，一旦为朱载坖所察觉，九族不保。
面对朱载坖的严厉警告，左都御史葛守礼主动请辞，认为是自己的过失，未能约束这些官员，请求朱载坖将自己罢免，朱载坖对葛守礼加以慰留，同时下令朱希孝将工部主事姜士昌、监察御史詹仰庇从诏狱中提出来，于午门前庭杖一百，朱希孝很清楚朱载坖的规矩，凡是庭杖，打死再说。
将两名上疏臣子打死之后，官员们的声浪要小很多了，朱载坖随即下令，照惯例，庭杖官员一律削籍，从登科录中将名字削去，三代不得参加科举或者考选吏员。朱载坖从不惯着这帮沽名钓誉的人，你们想要出名搏位，可以，拿命和你子孙后代的前途来换就行。
而做完这一切之后，锦衣都督朱希孝向朱载坖请辞，朱希孝请辞的原因也很简单，其兄原成国公朱希忠刚刚去世，朱希孝本人也身体欠佳，朱载坖于是准允朱希孝请辞，加朱希孝特进光禄大夫兼左柱国，将朱希孝之子任命为勋卫，于侍卫处任职。
随后，朱载坖下达命令，京卫都指挥使兼领侍卫内大臣陆绎任锦衣亲军都指挥使、中军都督府左都督，原掌南京锦衣卫事指挥使严绍庭升京卫都指挥使兼领侍卫内大臣，原锦衣左卫指挥使刘守有升掌南京锦衣卫事指挥使兼锦衣亲军都指挥佥事。
而翰林院也将宋代的制科制度的相关情况整理好上奏朱载坖，朱载坖于是将这些材料下发阁部重臣，然后准备朝议，朱载坖虽然不喜欢召开朝会，但是对于朝议还是很重视的。
而且朱载坖还恢复了之前的君臣坐而论道，考虑到参加朝议的阁部重臣年纪都不小，所以朱载坖特地下诏，今后凡是朝议，都为参加朝议的臣子准备坐墩，君臣坐而论道。
朱载坖这次召集的是内阁辅臣、六部尚书、侍郎，各寺正卿、少卿，都察院佥都御史以上以及六科给事中、翰林院侍讲学士以上的官员。
由首辅高拱主持朝议，有关大明的制科，最关键的就是开设科目和参加的资格问题，按照两宋的制度，一共开设过贤良方正能直言极谏，博通典坟达于教化，才识兼茂明于体用，详明吏理可使从政，识洞韬略运筹决胜，军谋宏远材任边寄，高蹈丘园，沉沦草泽，茂才异等，书判拔萃一共十科。
大明是和前宋一样都开设还是只开始其中部分，这是一个问题，朱载坖认为，大明没有必要都开设，其中的很多科目都有相似之处，另外的一些科目对于现在的大明也不实用，如什么书判拔萃，高蹈丘园，沉沦草泽这样的科目，朱载坖认为根本没有必要开设。
朱载坖在和臣子们商量之后认为，开设三科即可，贤良方正直言极谏科、详明吏理可使从政科、军谋宏远材任边寄科，分别选拔相对应的人才。
接下来就是选拔的范围问题，宋代的制科最开始是要举荐的，后来也废黜了，基本上对于应举人的要求是放的很宽的，朱载坖也认为，制科考试不必设置门槛，只要不是曾犯脏罪及其他重罪的，都可以参加制科。
当然，制科也要分级，首先由礼部组织制科的初试，然后制科复试由内阁、六部堂官和左都御史加上翰林学士和皇帝特简的臣子一同阅卷之后，再报送皇帝亲自决定。
两宋制科虽设五等，但一二等空缺，唯取下三等，也就是说，制科的榜首也就是制科三等，三等还分为三等、三等次，这些规则朱载坖也予以延续。
讨论完了之后，朱载坖就下诏，举行大明历史上第一次制科考试，不拘官民人等，都可以报名参加制科考试，一共三个科目：贤良方正直言极谏科、详明吏理可使从政科、军谋宏远材任边寄科。
在诏书中朱载坖明确说明，制科三等位在状元之上，实授五品，比之状元的正六品还要高。