朱载坖对于王祖嫡的上疏显然是极为愤怒的，对于朱载坖来说，王祖嫡这种上疏当然是要严厉惩处的，在朱载坖要求在京师的大臣们批驳王祖嫡的奏疏之后，随后朱载坖就要求议罪了。
海瑞连上三疏，要求将王祖嫡下三法司，朱载坖当然明白海瑞的意思，随后就同意了海瑞的的申请，将王祖嫡收系于都察院狱，海瑞随后上疏，要求三法司会审王祖嫡，议罪判处。
海瑞的意思是尽快的将此事按下去，免得此事继续发酵，海瑞当然是一片诚心，不过朱载坖显然是要借机大做文章的，就是要打击这些对建文君臣仍然抱有同情的人，朱载坖知道现在士林之中很有一股同情建文君臣的风潮，甚至试图为建文君臣翻案。
他们主要是仁宗当年一道上谕，仁宗当时主要是认为建文逆犯都已经伏法，所有的正犯都正法了，现在时过境迁，仍然有大量的人被牵连流放，这些人中很多并没有参与齐泰、黄子澄等逆犯的谋逆行为，仁宗认为将这些人仍旧流放，实在是过于残酷了，所以下了一道诏书，要求加恩于他们。
仁宗的诏书原文是：“朕闻建文奸臣齐、黄等外亲全家谪戍边者，有田在乡悉荒废。令兵部每家存一丁于戍所，余放归为民。”
同时仁宗也专门解释过自己为什么这么做，仁宗认为，建文朝的‘奸臣’正犯早就给杀光了，其女家眷们被弄到教坊司去做妓女，男性被发配给军中功臣武将当奴隶，好多人都被折磨而死，现在要是还有存活下来的，朕登基即位诏中已经宣布大赦天下了，他们也应该被赦免宽宥。
所以本质是仁宗的诏书是赦罪而非翻案诏书，但是却被某些别有用心的人宣传为翻案，并且以此为由大肆宣传所谓仁宗为建文旧臣翻案，其实用脑子想想就知道，仁宗可是亲身参与靖难之役的人，怎么可能为齐泰、黄子澄等人翻案，只不过时过境迁，当年的那些罪臣早就被成祖处置干净了。
到了仁宗时，剩下的不过是旁系后辈，根本掀不起什么大浪来了，所以仁宗才予以赦免的，朱载坖认为现在还打着什么仁宗为方孝孺后代翻案的说法，那就是矫诏，对仁宗本意的曲解，要予以严惩。
朱载坖并没有立即处置王祖嫡，只是令三法司会审王祖嫡，看他们审出个什么东西，而朱载坖则是与内阁、礼部、翰林院商议，加强对于大明出版的管理，礼部要设立专门衙门，与地方官府一道，负责对于出版印刷予以管理，凡事出版违禁文字的，不仅作者以谋逆论处，连出版商、刻字工等一律连坐，严惩不待，当然也要加强对于版权的保护，不准随意盗版。
尤其是事涉靖难、成祖等大明历史上的敏感事件的，凡是与朝廷表述不一致的，一律予以毁禁，不允许在市面上流传。而三法司针对王祖嫡的审理结果也送到朱载坖的案头。
三法司经过会审之后，认为王祖嫡出位妄言，谤讪君上，应当予以罢官夺职，并且流三千里的处罚。看似对于他的处理不可谓不重了，但是朱载坖很清楚，这种处罚只不过是高高举起，轻轻放下罢了，只要这些官员们的功名还在，起复就不是问题，就当出去旅游罢了。
朱载坖认为这样他们太舒服了，对于这些官员们，骂了皇帝或者是说是因为上疏言事被贬谪，似乎是一件极为荣耀的事情，尤其是从正德、嘉靖以来，科道言官对于皇帝、内阁的决定一向是必以为反才行，仿佛不跟皇帝作对就不是直臣一样了。
朱载坖即位之后，对于这种情况也采取了严厉打击的办法，虽然也收到了一些成效，但是朱载坖毕竟不是太祖、成祖，可以动辄杀戮数以万计的臣子，朱载坖也很清楚，严厉打击固然有效果，但是这是治标不治本的办法，杀人固然能够震慑大部分的臣子，但是对于一些铁头娃是没有的。
朱载坖很清楚，杀人虽然是立竿见影的办法，但是诛心才是朱载坖现在要做的事情。
朱载坖召集内阁辅臣，部院大臣，进来朝审，要将王祖嫡一案当作典型来处理，朱载坖说道：“朕知道，和王祖嫡一样心怀怨望，甚至腹诽成祖的大有人在，朕就是要让他们看看，心怀怨望的下场！”
朱载坖摆明了是要重处王祖嫡，刑部尚书洪朝选说道：“陛下，王祖嫡固然是罪大恶极，但是毕竟只是口头怨望，大肆株连的话，与法不合啊！”
海瑞、孙丕扬等人也是这么认为的，王祖嫡虽然在上疏中有心怀怨望，甚至诽谤成祖的意思，但是终归是言论，以言罪人，是容易被人诟病的。
海瑞也说道：“陛下，杀戮太重并非好事，王祖嫡就是夷灭其三族，不足以彰其恶，但杀一王祖嫡何其容易，外间之编排，就是太祖、成祖这般雄主，尚且受困于此，陛下三思啊！”
李春芳也出来劝说朱载坖，朱载坖自己也很清楚，这些文人最可怕的就是他们手中的笔，比锦衣卫手里的刀还可怕，可以颠倒黑白，混淆忠奸，所以朱载坖一直都很清楚，诛心远比杀人重要。
朱载坖拿着三法司会审的结果问道：“那卿等认为，这样王祖嫡就会感恩于朕吗？”
这下轮到这帮重臣们无话可说了，王祖嫡怎么可能感念朱载坖不杀之恩，朱载坖将他从翰苑菁华，储相之尊打落凡尘，他会感恩朱载坖不杀之恩吗？他只会对朱载坖恨之入骨，用自己的笔把朱载坖写成一个无道昏君。
朱载坖笑着问道：“朕想知道，他将来着书立作，把朕写成什么？荒淫无道，小蜜蜂？还是暴虐残忍？”
臣子们哑口无言，其实一些遭受贬谪的臣子留下的文字中有这种怨望之言是很正常的，并不是特例。