而且朱载坖没有想到的，最先闹起来的不是各地方都司的卫所军官，而是在京师的这些所谓带俸武官，他们纷纷聚集起来，向都察院、五军都督府、兵部陈情，他们认为自己的祖先为太祖流过血，为成祖扛过枪，他们的祖先在开国和靖难当中已经把所有的苦都吃了，再说了，武官世袭是大明的国策，也是朝廷激励军功的重要手段，历代先帝都是这么干的，你朱载坖说不干就不干了，这么得了？
大量的带俸武官聚集起来闹事，不光在京师，南京也聚集了很多的带俸武官，尤其是锦衣亲军的带俸武官极其众多，他们就一个要求，既然现在朝廷要裁剪带俸武官的俸禄，他们就要求朝廷给他们安排差遣，尤其是锦衣亲军的带俸官，数量十分之庞大。
这些人现在聚集在锦衣亲军都指挥使司衙门外面，要陆绎给他们安排差遣，搞得陆绎也很无奈，因为这锦衣亲军中的带俸官，不少是皇亲国戚或者勋臣旁支，还有就是前朝重臣的子弟，他们往往被加恩为锦衣亲军带俸官，现在在京各卫所中，尤其以锦衣亲军中的带俸官非常之多。
原本按照大明祖制，军有定数，官有定额，并世代承袭，以保万世之稳定。 然而事与愿违，不久因军功升授，纳粟恩荫等原因，武官数量渐多，出现了官多额少的情况，故定额之外者，列为带俸武官，不得掌管卫事，与见任官相区别。这种现象在京卫、锦衣亲军中最为常见，这些带俸官的吵闹，已经严重影响了两京锦衣亲军办差了，这些人天天穿着飞鱼服在街上溜达，搞的京师人心惶惶的。
陆绎向朱载坖奏报此事，请求处理这些人，朱载坖当然不会惯着这些人，当即召见了兵部尚书徐渭、总督京营兼提督巡捕定国公徐文壁、协理京营戎政赵锦和卫尉寺卿温纯等人，要求他们和陆绎一道缉捕这些闹事的带俸官，将他们革去职务，有世职的，连同世职一道革去，绝不宽宥。
同时对于现在见任军官和带俸军官的矛盾，朱载坖也要做一些调整，这些带俸官虽然聚众闹事，但是他们提出的一些问题也确实是要解决的，因为在武官的世袭中，见任的子孙就可以一直见任，而带俸的武官子子孙孙一直带俸，这显然也不太合理。
对于这个问题，兵部尚书徐渭也说道：“陛下，武臣廉能谋勇者少，贪污酷暴者多，近以简选之例行颇知警厉。 然而掌印理事者后或放肆而妄为，其带俸差操者后欲迁善而无路，又有新袭职者亦欲治事而无由。 乞定三年五年一行简选，量为进退，以昭示劝惩。”
徐渭也就此事向朱载坖上疏说明此事，带俸的军官们也不是都是饭桶，这点朱载坖也是清楚，现在这些带俸武官们闹得沸沸扬扬的，朱载坖作为皇帝也必须要予以处理，朱载坖在和重臣们商量了之后，决定采取一些措施处理这个问题，对于年龄已经较大的带俸武官，通过考试的形式，选拔这些带俸武官中有才能的人，分派到五军都督府和各地的行都督府，负责对于各都司卫所进行监察，也可以派遣到各都司卫所中的任职，但是朱载坖也明确规定，不允许无故不去，但是朝廷安排差遣又无故不去的，一律连同世职予以革除。
对于年龄在三十以下，愿意从军管事的，全部选送到各军事学院培训之后，经考核合格后分派到官军各部中任职，同时对于京操班军和各都司脱产士卒们，也要固定编制，安排军官予以管理指挥。
同时对于现在各都司卫所的武官，应当予以革退的，也要坚决予以革退，朱载坖命令兵部和五军都督府对于现在各都司卫所的军官予以考核，对于贪赃、老病的军官，令其带俸，将位置腾出来，同时明确以上谕的形式告知这些现在见任的卫所军官，他们能否留任，和清丈军屯的成果是紧密相关的，要是现在见任官在清丈田亩中不得力，由各都司或者行都督府指名题参，予以罢黜。
除此之外，还有一个重要的群体也必须要处理，就是捐纳出身的军官，之前朝廷在财政匮乏的时候，往往卖官鬻爵，而带俸卫所武官往往又是卖官鬻爵的重点，因为在一些臣子们看来，卖这种带俸武官对于朝廷来说危害最小，也导致武官官缺极为便宜。
按照嘉靖年间的规定：“凡舍余军民人等愿输粟者， 赴山陕缺粮所在上纳，百户二百石、副千户二百五十石、正千户三百石、 指挥佥事倍百户、 指挥同知倍副千户、指挥使倍正千户，从巡抚官定以卫分带俸闲住，其有官者每百石升一级，止终本身。”
六百石就可以买一个指挥使，大明的卫所官缺，便宜的令人发指，朱载坖即位之后就彻底禁止了所有形式的卖官鬻爵，但是对于之前的，朱载坖也不能予以革除，不过这些左都御史杨继盛上疏说了一个问题：“在之前历朝，军民官吏最多输豆四千石以上者授以指挥，历俸不过十六七年，所得之禄就已经远远超过当初所纳粮价。若令其世袭或任事，在有功者看来极不公平，他们认为自己是以累世忘躯而获此官，彼以输豆而亦获此官，朝廷如同将其躯命同于菽粟，恐人人无所劝勉，起端虽微弊流甚大。”
杨继盛请求清理这些捐纳而来的卫所军官，朱载坖也认为朝廷让他们吃了二十年的俸禄了，对于他们来说也算是回本了，朱载坖命令天下各都司卫所讲所以捐纳而来的军官集中起来，送各行都督府考核，凡是才力不及者，予以罢黜，若是能够通过考核的，降两级留用，同时还要清理在京卫所的见任官，上报五军都督府和兵部予以处理。