在朱载坖督促下，京卫都指挥使司、中军都督府还有兵部和相关的卫所对于在京的带俸军官进行清理，经过统计汇总之后，由兵部尚书徐渭上奏朱载坖。
徐渭向朱载坖上疏称：“奉诏查得在京各卫武职官员，带俸等项数多。 有一卫二千余名，有一卫千五百余名者，通计不下三万余员。每岁所需钱粮以百万计，糜耗钱粮，莫此为甚。 臣闻战备攻守，士卒当前。但使主将得人，不必多官给扰，况其间多有老病怯弱、骑射生疏之人。 既无差调，又无掌管，徒建虚名，以支实俸，积岁弥年，何日为了。”
朱载坖揽奏之后极为震惊，当即御批道：“京师之地，带俸之官以三万计，徒耗钱粮事小，贻误军机势大，着该部与相关衙门严格查访，照前诏分别论处。”
除了京师的带俸官之后，带俸官数量最多的就是九边，因为这里靠近北虏，之前是大明战事频仍的地方，卫所的见任官管事管反而风险极大，带俸官反而可以安安稳稳的领俸禄，所以在九边也有数量很多的带俸官，他们名为带俸差操，但由于不承担军事责任，游手好闲者多，成为真正的带俸官，只吃俸禄，不干事情。有些见任官甚至贪图享受，不惜请人控告自己，以被贬为带俸官。
蓟辽总督凌云翼也向朝廷奏报：“查得辽东铁岭广宁诸卫切近虏境军职多缺，而带俸差操者甚众，盖在职则有提督、分巡、分守之责，失机误事辄得重罪。 而带俸差操则食禄优游似为得计。 是以诸卫军职或故为诖误请人告讦，一入赃罪即遂所谋。 将恐带俸差操者愈多，而缺人废事愈甚。”
朱载坖当即大怒，朝廷以高官厚禄豢养官军，就是为了用命疆场，征讨不臣的，结果他们反倒利用起朝廷的制度，为自己谋取利益，巡按辽东御史和辽东清军御史也向朱载坖奏报：“奈何现任官员与其情熟，以带俸为安闲，种田为当然，差操为虚文。所以轻法而玩之也。”
九边的这些卫所军官，以带俸为美差，不愿承担责任，朱载坖对于这些人不会给什么好脸色，当即下诏：“严赏功之格，重比试之令，使官不可轻得。其巳官者军政治事，乃支全俸，额视职掌而止，带俸者十三给之。若仍有玩法轻忽，以带俸为得计者，与世职一道革去。祖宗百战得官，而自不惜之，朕必不轻纵！”
也不怪朱载坖对于这些人极为愤怒，从朱载坖即位以来，连这些世袭的勋臣们都办差干活，英国公张元功都亲自上阵，多次跟随戚继光出战，这些世袭的公侯尚且要为朝廷出力，这些卫所军官反而每天拿着俸禄，悠游度日，成何体统？
朱载坖很清楚，这种所谓的带俸官制度容纳了大量多余的武官，或为毫无军事能力之人包括纳粟军职、老弱笃疾等，或是作恶多端、屡次犯罪本应罢黜为民者，武官冗滥问题现在已经到了必须要解决的地步了，朱载坖下旨给兵部、五军都督府和京卫都指挥使司还要南京兵部和南京五军都督府，首先对于两京的带俸武官予以处理，将两京的冗官先予以处理掉。
同时各都司卫所查照编制，将本卫所缺官员和带俸官的详细情况全部上奏于五军都督府，对于年龄较大的带俸官，直接革去，命令其子弟赴两京军事学院学习考核之后再予以安排差遣。
对于两京的带俸武官，经过考选之后，发大宁、缅甸、吉林、宁夏等缺官都司任职，不准推诿塞责，敢有抗拒命令者，即行与其世职一道革除，永不叙用，若情愿革去本身都其健壮子弟袭职的，经考选后加一级任用，原官仍给十分之三俸禄。
现在的情况就是两个极端，一方面新组建的各个都司极端缺乏军官，因为这些官员们都认为这些地方蛮荒多事，不愿前往，但是另一方面大量的带俸官在两京和内地卫所，饱食终日，无所事事，朱载坖当然不能放任他们就这么继续无限制的浪费朝廷的俸禄，要充实各边疆卫所，保证边疆卫所有足够的军官履行职务。
按照朝廷的规定，一卫有指挥使一人，负责总览军政事务，为一卫之长官，还有指挥同知、指挥佥事数人，分别负责屯田、训练、军器、巡捕治安等事项，同时还要卫镇抚等职官，负责维持军纪，执行军法，但是现在缅甸都司和其他新组建的都司都普遍缺乏军官，朱载坖命令将这些带俸军官考核之后发往各新组建卫所任职。
同时对于之前捐纳得官的卫所军官，大规模予以革除，他们吃了朝廷这么多年的俸禄，也早就回本了，朱载坖不会再养着他们了，对于不称职的卫所军官要坚决予以革除，对于犯罪的卫所军官，要一律革除世职，不能够犯罪之后还继续承袭，那国法何用？军法何用？
朱载坖命令卫尉寺参照刑部所制定的大明律例集解，专门制定大明军律集解，干犯军法者，照例予以惩处。除此之外，就是对于军屯清丈，按照大明之前的数据，朝廷军屯最多的时候应该啊是九十七万顷，之前隆庆十年清丈的时候，天下各内外卫所的军屯总数是六十一万余顷，比之巅峰时期，已经减少了三分之一，而更加厉害的是军屯籽粒的减少，原本太祖皇帝实行卫所制度的意义是减少养兵开支。
在大明初年，卫所籽粒还是能够支撑卫所军饷的，但是现在不仅军屯大量减少，军屯籽粒也急剧缩水，现在的军屯籽粒，仅仅相当于大明初年的五分之一。
对于朱载坖要求清丈军屯的诏令，首辅张居正向朱载坖上疏称：“今粮日以欠，军日以耗，虽履亩丈量不可清，悬厉禁而不可革也。时有清理屯田之议，则无赖又得因以为利，而豪巧猾者又从而阴阳其间。公举私收，肩摩踵接，断墨未干，侵冒如故。”