在朱载坖的支持下，五军都督府这次要求重新再各都司卫所组建仓储，保证卫所士卒的军粮军饷，这确实一个很大的问题，因为再将卫所士卒的军粮军饷交给地方之后，卫所旗军的月粮及其他开支将由地方州县从仓库中支付。如若地方富足、仓库储备充裕，卫所旗军月粮等项，自会及时发放；但若地方贫穷、仓库入不敷出，卫所旗军月粮等项，就会推迟发放，甚至无粮发放。
但是对于这些卫所士卒们来说，这些月粮就是他们赖以为生的全部了，他们的军屯土地被侵夺，全部依靠这份月粮来生存，但是对于地方州县来说，他们又往往将卫所的军饷视为不急之务，拖欠、甚至于直接不给军饷都是很常见的事情，这就导致卫所和地方州县的矛盾越来越大，甚至因此发生哗变、暴乱的事情屡见不鲜。
隆庆六年安庆卫哗变就一个很典型的例子，当时的安庆卫指挥使张志学和安庆知府查志隆关系极差，结果安庆知府动用手中的权力暂停了安庆卫的军饷，这下就整出了大事了，这些丘八爷没有军饷，才不管你什么鸟知府不知府的。
据当时的奏报：“张志学遂与指挥马负图、张承祖率舍余马应举等，及家奴、屯卒四百余人，闭城大噪围府舍，欲杀志隆等。守备杨遇春不为禁，百姓汹汹。越三日，稍稍解散。南京兵部尚书王之诰等以闻乃遣官校逮志学等，而赦屯军胁从者。”
本来他们准备将此事完全推给张志学，但是在锦衣亲军讯问的过程中，发现了事情的真相，陆绎奏报给朱载坖，朱载坖命令将两人一并正法。
当时因为此事科道还纷纷上疏，要求严惩闹事的士卒，他们上疏称：“国家所恃以振刷天下者，独法也。法一废，则犯上作乱其势不可收拾，故渐弗可弗防也。顷安庆之变虽由官军挟愤而篾视法，则非一朝一夕之故矣。陛下鉴于往事敕下法司，将安庆官军尽法宄治，以明宪典，仍诫天下有违法猖乱者，所司即以实闻，勿泥激变。良民之律，相率欺蔽以隳国法。”
但是朱载坖认为像这种由于朝廷不给军饷而导致哗变，属于事出有因，不能够过于苛责，虽然也要惩处，以彰国法，但是大规模株连就不必了，所以并没有同意科道的意见的。
但是五军都督府指出，这种卫所旗军因月粮短缺，威逼州县官员，聚众暴乱，已经是屡见不鲜之事。当然户部也是有话说的，因为卫所的军粮军饷是属于地方留存部分的，但是对于地方州县来说，卫所的分布是不均的，有些地方可能一府也只有个别千户所，但是有些地方由于是军事要地，可能同时存在多个卫所，对于地方来说，相对压力就很大，而且地方之间的财力差距很大，如苏松等地就相对宽裕，而安庆显然是不如苏松的。
所以五军都督府认为为了保障卫所的军饷，还是要重新建立起卫所的仓储设施，还有卫所的军屯籽粒也直接收储到卫所仓储中来，保障卫所官军的粮饷，对于这个问题，朱载坖也是很关心的，卫所官军的粮饷确实是一个很重要的问题。
毕竟这个群体数量庞大，干系到地方的问题，即便是朝廷，也必须认真对待，朱载坖和一众臣子仔细商量，对于这个问题，户部提出了一些意见，应当对于卫所官军的军饷予以分类处理。
首先就是脱产的士卒，他们的粮饷肯定是优先予以保障，和镇协官军一致，不光有军饷，还有口粮和眷属的口粮，这些是必须要保障的，这佃重臣们都很清楚，而除此之外，还有两种卫所军士，第一是有军屯耕种的这些军户，他们有田地耕种，而且朝廷现在降低了军屯的科则，依靠屯田的收入，可以自给自足，这部分军户，只要保证了屯田，是可以不用支给粮饷的。
但是要做好存恤工作，给予军士及背后军户家庭甚至家族的宽限优待，保证那些脱产军士能够安心服役，首先就是免去其家五十亩的田赋，同时依照前朝的规定：“军丁各照例优免一丁，在营有余丁，亦免一丁差使。其在三千里外卫所当军者，原籍本营，亦准各免二丁，令专心服役。”
这部分士卒也是比较好处理的，难以处理的其实是另外一部分士卒，他们的军屯土地已经被侵占了，赖以为生的土地没有了，卫所粮饷就是他们的家庭的唯一收入，朝廷不能够断绝他们的额粮饷，否则的话，他们就没有生计了，这点朱载坖和重臣们是很清楚的。
但是现在卫所军屯被侵占的现象是非常之普遍的，这点朱载坖和重臣们是很清楚的，尤其是腹地卫所，军屯土地十不存一，这些地方能够开垦的土地已经都被开垦的差不多了，朝廷根本无法为这些军户们在当地给予足够的土地，这点朱载坖和户部都很清楚。
户部提出了一个方案，第一就是在南京附近的卫所，将无地的军户调往中都留守司开垦土地，分给军屯，同时发给证明，这些土地属于朝廷军屯，但是军户可以世代耕种，与民田一同起科，这样可以解决部分卫所士卒的生计问题。
第二就是朝廷的各种官营工场也需要工人，也以优先从卫所军余子弟中招募，朱载坖也明确规定，朝廷各官营工场的工人工食银要经过朝廷的核定，要能够养活一家人，同时对于技术精湛的工人，按照技术水平，可以增加工食银。
第三就是大规模的移民实边，将这些卫所无地军户和军余子弟调到朝廷新收复的各都司去，利用他们屯垦戍边，稳固朝廷在当地的统治，通过这种方式，尽可能的减少地方州县的负担，同时保证卫所士卒的军饷。
对于户部所提出来的三点，朱载坖命令下阁部商议。