对于户部的这个看法，朱载坖不置可否，但是兵部和五军都督府是有话说的，这样确实是可以安排一部分卫所军户，但是和之前内阁所提出来的问题一样，就是容易造成外重内轻的局面，因为现在的大片待开垦的土地，肯定都是在新收复的地方，这些地方才有大量的土地尚未开采，按照户部所提的这个方案，大量的卫所都将从现在的地方调走，调往缅甸、吉林等地，而导致大明腹地相对空虚，这点是值得注意的。
但是朱载坖认为，现在为了尽快开发这些地方，同时稳定住大明的边疆，调动大量的卫所前往这些地方是值得的，但是这些新开垦出来的土地所采取的分配方式要和之前不同，朱载坖和户部商量了之后认为，要实行确权给券制度，这些土地是朝廷的，不能买卖，是朝廷直接分配给军户们耕种的，军户们按照祖制每军授田五十亩，不用向朝廷缴纳除了科则之外的任何赋税，如果家中有些被选为脱产军士，还可以蠲免赋税。
而这些土地不能买卖，只能继承，继承的方式很简单，谁被选为军户就能够继承这五十亩土地，严厉禁止任何人侵占军户屯田，和大明初年的屯田制度不同，大明初年的屯田，是将军户一家人都绑缚在卫所上，强迫这些军户们世世代代为朝廷充军，但是现在朱载坖不采用的这样的办法，认为将土地作为一种奖励措施，作为为朝廷服役的奖励，而不是强迫军户充军。
同时要保障军户的权利不受损害，所以要确权给券，将土地分到每个军户头上去，保证军户能够有土地耕种，朱载坖说道：“有地方能养兵，有粮方可用兵，此自然之理也！”对于没有继承军屯土地的军余子弟，允许其自谋职业，不必将其全部束缚在卫所当中。
对于内阁最担心的外重内轻的问题，朱载坖认为可以通过制度来建议制衡，首先就是内外的区别的问题，朝廷以往的内仅仅指京营、亲军诸卫和御马监禁兵，但是现在朱载坖认为要扩大内的范围，将整个中军都督府都作为朝廷直接控制的武力，所辖各都司也都是朝廷的战略预备队，每年实施京操番上，同时在江淮以南京京营和南京亲军、中都留守司作为威慑江南的武装力量。
同时随着北方威胁的减少，也要加强对于北方边镇的控制，不管是京操还是调动，都要强化，保证朝廷的权威，各都司也都要实施京操番上，将各都司的精锐调至两京操演，而且在地方上以都司和镇协官军互相制约，镇协官军主要是野战，受总兵、提督的指挥，之前总兵、提督只是差遣，这些军官们一般都还是在卫所挂衔，如大同镇总兵照例挂山西都司都指挥同知，宣府总兵挂万全都司都指挥使等职务，卫所和镇协呈现出一体两面的形势。
但是朱载坖现在要将卫所和镇协予以区分，卫所官军负责守城，从小旗官一直到都指挥使再到行都督府五军都督府，是一条指挥体系，而镇协官军从各营、标、分守参将、协守副将、游击一直到总兵、提督乃至于练兵军务处，又是一套指挥体制，各有所长，各司其职，在地方上，都指挥使和总兵都从正二品降为从二品，一个负责守城，一个负责野战，互不干涉，这样在地方形成制衡。
除此之外，重要的还是对于军队本身的控制，朱载坖很清楚，政治教育是很重要的，所以不管是卫所官军还是镇协官军，甚至是京营、亲军诸卫和御马监禁兵，都要设置镇抚司，原本镇抚司是卫所中的职官，负责的法纪、军纠。还有就是锦衣亲军中的镇抚司，专办钦差大案，但是朱载坖现在要求在各卫各标以及京营、御马监禁兵等官军各部都要设立镇抚司。
同时扩充镇抚司的权力，原本镇抚司只是一个负责官军军纪军法的部门，但是现在朱载坖将镇抚司变为朝廷和皇帝在军中的耳目，镇抚司长官加指挥同知、都指挥同知、副将、都督同知等衔在官衔上仅次于统兵官，而且镇抚司除了负责本部队的军纪军法之外，还负责官兵教育，戚继光之前对于浙兵的教育就很成功，在戚继光的大力整顿下，蓟镇新军的军纪极好，朱载坖认为要全面整顿官军军纪，加强忠君爱国的教育，镇抚司不仅仅是负责军纪军法的执行，还要负责官兵教育和对于统兵大将的监督。
所以镇抚司实行垂直管理，哪怕是各标、营、卫的镇抚司长官，都要由朝廷直接任命，而且基本上是从锦衣亲军中抽调，镇抚司下面也有一支直属队，也是锦衣亲军，负责观察军中动向，直接向朝廷奏报，各镇抚司都是直接向上级汇报，不通过统兵大将，但是镇抚司也不能干涉统兵大将的指挥，也要维护统兵大将的权威。
除了这些手段之外，朱载坖认为最重要的还是要控制后勤，随着官军的火器化程度越来越高，对于官军来说，后勤的作用就越来越大了，不管是火铳、火炮、手榴弹还是他们所需要的弹药、火药都是维系官军战斗力的重要物资，和军粮一样是须臾不可缺少的。
所以朱载坖认为朝廷控制军队，也要从后勤方面予以控制，从朱载坖开始建立军事工业以来，就是将其尽可能的布置在京师附近，就是为了方便朝廷控制，即便是像造船这样的行业，也要在北方大力发展，使得朝廷掌握大量的官营造船工业，通过后勤来控制军队也是一个重要的办法。
朱载坖认为要谨慎选择各军事工业工场的地点，对于涉及军器的各种原料也要进行严格的禁榷，尤其是火药等物资，必须牢牢的掌握在朝廷手中，这样才能够保证朝廷对于军队的控制。