对于南方官府要求废卫所，朝廷显然是不能支持的，地方官府考虑的着眼点是毕竟只是自己的利益，而作为朝廷，必须考虑大明通盘的利益，朱载坖很清楚，随着大明官军火器化的程度提高，常备军未来将会是官军征战的主力，这点是毋庸置疑的，募兵确实是会成为官军的主流，但是现在还需要解决两个问题，第一就是募兵的来源，第二就是募兵的遣散与安置。
之前戚继光为什么征募义乌的这些矿工，当年戚继光的奏疏很多的说明的这个问题，戚继光在奏疏中说道：“此辈皆良家子弟，俱有身家，可聚可散。惟恐其不留，毋虞其难散。”对于募兵来说，最麻烦的就是裁汰和解散问题了，一个不小心，就容易引发兵变，这在大明是极为常见的事情，这点朱载坖是很清楚的，而卫所在这个方面确实是具备稳定性。
卫所只要能够保障军屯，将士退伍之后，就可以回到本卫成为屯田军士，朝廷对于他们的控制还是十分之严格的，所以兵部等衙门是强烈要求保留卫所的，这点也得到了朱载坖的支持，朱载坖对重臣们说：“夫兵曰额兵，则部伍既定，即兵制有更易，额外毋得复增。饷曰额饷，则出纳惟明，即岁用有赢余，另有处分，额内毋得辄减。所谓兵食俱足，经久可行者殆不出此。”
大明的兵制，最重要的是建立一支稳定可靠而有战斗力的官军，这点是最为关键的，而直接向民间募兵，最大的问题就是怎么安置、裁汰和遣散这些募兵，兵部尚书梁梦龙就说道：“募兵既费而散兵尤难，即有病弱汰革者，往往潜住境内，纠结为非。议者谓去兵之难，难于去盗哉！近汰兵省费之议出，欲令数千之众撤于一朝，此兵之所以激也，应募而来，遽勒回籍，治生无策，安得不乱。”
这点确实是大明现在存在的大问题，之前在东南抗倭之后，南方各省大量的组建募兵，在战事结束之后，又大规模的裁汰官军，朱载坖之前为了保证这些募兵不出现问题，同时为了解决地方的治安维护问题，组建了巡检官军，加强地方官府的武力，但是现在巡检官军的员额也基本已经满编的，再进行大规模的募兵和裁汰的话，势必引发动乱，这点朱载坖是很清楚的。
朱载坖说道：“兵者，凶器也，聚之易，散之难。彼其一呼而集也，若服轭之牛，故虽市井之强梁犹可绳之以坐作止齐之法。柙及其一麾而去也，如出柙之虎，故虽素闲之子亦不能无悲歌慷慨之情。人之怀土，其情也；恋恋沙场，役于利耳。今居安而骤徙之则劳逸见，重购而轻遣之则得失生，部署已定而忽更之则瑕衅起，此皆可以情亮而不可以势驱，可随事调停而不可形之禁令者也。”
遣散募兵，是一件风险极高的事情，因为很多募兵在军中日久，不愿为农，同时之前的军饷早已挥霍，又有一身武力，一旦作乱起来，就是大事，这点即便是首辅申时行也是极为头疼的事情，大明官军的闹饷之事，是极为头疼的，在朱载坖即位之后，保障官军军饷之后，闹饷哗变确实是减少了很多，但是每当裁汰营兵和募兵的时候，就极易引发哗变。
申时行说道：“陛下，夫募兵哗变，乃是应募者率赤贫之徒，利于得饷，数日支给，环门乞讨，复欲散去。然此非额设之兵，将来兵日以众，饷日以增，凭何处给，欲悬饷以号召则不应，欲停募以待饷则无兵。不然此无籍穷棍闻饷而来，无饷而去，安所得吸风饮露之人而应募也？而以朝廷有限之财，填此无穷之欲，何得有止？”
内阁也是对于募兵，尤其是直接向民间招募百姓为兵持反对意见，内阁认为大规模使用民间募兵对于朝廷来说负担太重，无法承担，王锡爵也以嘉靖二十九庚戌之变后朝廷的募兵为例予以说明，当时朝廷在慌乱之下整顿兵马，充实军旅，朝廷募兵民间，抽取有马民壮，每人给路费 8 两，不足补以民籍义勇，每名给军装马匹银 27 两、路费 8 两，共计 35 两，免户下二丁徭役。对于朝廷来说产生了极大的负担，同时也导致了各镇之间的不平衡，卫所士卒对于这些募兵的待遇是很眼红的，各镇总兵见此情形纷纷上疏要求提高待遇，而兵部则要求减少军饷。
而这些募兵的军饷直接关系到募兵的战斗力和军纪，统兵的将领和官员自然是坚决不干的，时任右佥都御史商大节上疏称：“部臣主计所惜者财，臣所惜者信，始以厚招之，终以薄待之，是以臣失信于众兵，而朝廷任臣之意亦不足以信于天下。且军士世食月粮，糜费不赀，一旦有事，皆欲此例加粮，则平居所以养之者，谓何至于民兵有事则招来为用，无事即止。彼素非有尺籍于官，饥寒切身则掉臂而去，臣不能禁也。奈何惜少费而妨大信乎？”
对于募兵的种种缺点，朝廷还是看的很清楚的，所以之前朝廷在北方各镇中选取镇协官军脱产士卒的时候，绝大部分脱产士卒都是从军户中选取的，主要是从正军和军余子弟中招募脱产士卒，这样的话有很多好处，首先就是他们的家人都在卫所，要想脱逃是不容易的，也便于维护军纪，同时由于朝廷实施整顿军屯和脱产士卒土地免予赋税的政策，朝廷可以用相对较低的军饷维持一支有战斗力的官军。
按照现在朝廷的军饷，普通士卒所给月饷为 1.5 两，即年饷 18 两，安家银 5 两，每月本色口粮四斗五升，有家口者给七斗，相对于募兵，军饷还是比较节省的，同时士卒老病之后可以退伍还乡，优先由其子弟顶替，这样的话也好安置退伍士卒。