对于重臣们的看法，朱载坖还是基本予以同意的，在整顿军令机构的同时，兵部作为军政机关的职能也要予以重视起来，作为军政机关，军制问题始终是军政机关最重要的问题，大明的军制确实是存在很大的问题，朱载坖要统一军令，首先要做的就是统一军制，只有军制统一，才能够保证大明官军的军令等统一，这点是极为重要的。
这样才能够为朝廷下一步的统一官军待遇，统一军令做准备，司农卿杨俊民就此事也提出了自己的意见，他对朱载坖说道：“陛下，自隆庆以来，用兵日多，靡费日广，盖兵不可轻募，已募则不能遽散，饷不可轻加，已加则不能复减。夫军有月粮不可减矣，而中有逃故月粮，不可住支乎？马有料草不可减矣，而内有倒死料草，不可扣除乎？将领既多朦胧，该道又不查点，惟巡按阅操，始雇觅应点，事已则虚冒如故。”
这点确实是朝廷现在所面临的问题之一，虽然朱载坖已经进行了多次的清军，但是由于军制不立，导致卫所、镇协官军的名册繁杂，有军、兵等不同名色，不仅仅是如此，不同来源的士卒，他们的军饷待遇也不相同，这些都导致了朝廷整顿军政，核实军籍的难度，也增加了朝廷的核实军饷的难度，所以现在首先要做的就是整顿军政，使得兵部能够切实履行军政机关的职能，这点是极为重要的。
大明的官军，主要还是有两种构成，即都司卫所和镇协官军，但是都司卫所并不承担野战任务，除了在农闲使节组织正军和军余子弟进行军事训练之后，其余时候，除了各都司的脱产军士之外，卫所军士主要是从事屯垦工作，而卫所的主要职能是朝廷能够直接控制一部分人口，这些卫所的正军和军余子弟，可以作为预备役使用，在朝廷需要扩充官军的时候，可以快速动员起来，同时在边疆的卫所还要承担起屯垦戍边的职能，所以在这种情况之下，卫所制度不能予以废除，只是不在作为官军野战的主力罢了。
而官军的主力则由脱产军士组成，这些脱产军士主要镇协官军、京营、亲军诸卫、禁兵和各都司、行都司、留守司的脱产机兵组成，而对于这些机兵的待遇，则由兵部制定详尽的规定，予以保证，同时军籍也由兵部管理，士卒的招募、裁汰、安置等都是兵部的主要的任务，制定士卒军阶体系。
按照朱载坖的想法，对于大明士卒的招募、晋升、裁汰、安置，朝廷都要制定严密的制度，保证士卒们从征募到退伍都有一定之规，对于士卒的服役期限也要予以规定，不能随意裁汰士卒，同时建立施行大明官军的薪饷保障体系，这才是最重要的，之前为什么募兵存在屡招屡裁的问题，主要原因还是因为薪饷和解散的问题，各镇各地在招募士卒的时候，往往都是随意制定军饷和安置费用，而在战事结束之后，他们为了减轻财政负担，又想将这些士卒们迅速予以裁汰，但是这种行为往往导致哗变。
所以朱载坖决定将这些权力全部从地方收归朝廷中枢，由兵部统一行使军政职能，剥夺地方的军事权力，首先就是脱产官军的来源问题，之前这些官军的来源主要有充军、征募、清勾等形式，但是朱载坖下达诏令，命令从此之后，不管是镇协官军还是各都司卫所的机兵，还是班操京军、京营、亲军诸卫、御马监禁军等，来源只有一个，也就是征募，只不过征募的对象有所不同罢了。
如各都司卫所机兵，他们的来源就很单一了，就是只能由本都司、行都司或者是留守司麾下各卫所的正军和军余子弟选拔而来，但是其他官军各部的来源就各不相同的，首先是各镇协官军，虽然同样实行征募制度，但是各镇协所征募的官军来源比较广泛，朱载坖在和军机处以及各镇提督、总兵商量之后，决定将征募比例确定为都司卫所正军、军余子弟七成，地方百姓三成，由兵部会同都察院派出募兵御史或主事到地方负责招募。
而对于从地方征募而来的士卒，要求地方有司予以审查，不准有过恶之人进入官军，同时也不准流氓无赖等进入官军，同时也要规定检查标准，对于身高体重、膂力等都有要求的，保证官军的兵员质量。
而京营、亲军诸卫和禁兵等部队，则是有更高的要求，京营不仅直接从在京以及南北直隶等卫所中直接选取符合条件的军士，同时也要从各镇、各都司、行都司、留守司挑选精兵以充实京营，而亲军诸卫则由两部分组成，第一就是为国战殁的遗孤和军官舍人等，第二也是从官军各部挑选出选锋精锐。
朱载坖一向的军事原则就是强化京营，这点是朱载坖一向的政策，朱载坖一直要求京营和亲军诸卫不仅是要宿卫京师，更重要的是承担起战略预备队的作用，是朝廷赖以威慑天下的重要工具，朱载坖在下达的上谕中说：“古之王者尊居九重而控四海，薄海内外外靡不环向而归命者，此无他故焉。惟有其有以握天下之重而天下之命制之在我。今夫猛兽在山，藜藿为之不采。故王者收天下之精兵萃之京师，此所以蓄威而握天下之重也。今京营兵制是也，在昔太祖，五军之士皆百战之余，内卫京师，外备征讨，桓桓趯趯，不待征发调募于郡国，而此五军足矣。”
朝廷控京营而威天下，这是朱载坖的一向政策，而京营要能威慑天下，就必须有强大的战斗力，并且能够使得天下都明白，朝廷所掌握的武力，同时以将边镇精兵抽调部分和京营、亲军诸卫轮戍边镇的形式，实行强干弱枝，防止出现藩镇。