根据拉伊温斯（Laevinus）的报告以及佩加蒙、罗德岛和雅典的使节，公元前200年的执政官普布利乌斯·苏尔皮基乌斯·加尔巴（publius Sulpicius Galba）被指派处理马其顿的麻烦。
他在三月进行了正式的宣战，然后招募军队，并于秋季横渡亚得里亚海。
与此同时，菲利普五世正在围攻赫勒斯滂（hellespont）上的阿比多斯（Abydos）。
在公元前200年秋季的阿比多斯围城期间，罗马大使马库斯·阿埃米利乌斯·莱比达斯（marcus Aemilius Lepidus）在返回埃及的途中与菲利普相遇，劝他不要攻击任何希腊城邦或夺取托勒密的领土，并与罗德和佩加蒙进行仲裁。
菲利普抗议说他并没有违反《腓尼基和平条约》（peace of phoenice）的任何条款，但无济于事。
在阿比多斯陷落后返回马其顿时，他得知苏尔皮基乌斯的军队已在伊庇鲁斯登陆。
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盖乌斯·克劳狄乌斯·肯索（Gaius claudius centho）被派遣携带20艘舰船和1000人前往援助雅典人，然后对厄尔博斯岛（Euboea）的一座马其顿堡垒哈卡利斯（chalcis）发起了突袭。
菲利普迅速集结5000名士兵和300名骑兵前往哈卡利斯。
当他发现克劳狄乌斯已经撤退时，便加速前往雅典，在迪皮伦门（dipylon Gate）外与雅典和阿塔利德（Attalid）军队展开战斗，并在基诺萨尔基（cynosarges）扎营，随后对埃列乌西斯（Eleusis）、比雷埃夫斯（piraeus）和雅典发起了一系列未成功的攻击。
然后他对阿提卡各地的圣地进行了掠夺，随后撤回到波伊奥提亚（boeotia）。
对阿提卡乡村和民主圣地的破坏十分严重，标志着它们的使用永久结束。
在公元前200至199年的冬季，菲利普、苏尔皮基乌斯和雅典人的外交努力集中在阿卡尔南联邦（Aetolian League），该联邦似乎倾向于支持罗马，但在这一阶段仍然保持中立。
春季，苏尔皮基乌斯和达尔达尼亚（dardanians）分别入侵上马其顿，而阿卡尔南联邦在罗马一方加入战争，入侵马格尼西亚（magnesia）和佩尔海比亚（perrhaebia），随后继续对塞萨利（thessaly）进行掠夺。
在那里，菲利普突然出现并彻底击败了他们的军队。
他围攻阿卡尔南城市塔乌马基（thaumaci）一段时间，但随着冬季的逼近，放弃了围攻，撤回了部队，利用冬季训练军队并进行外交，特别是与阿卡埃亚联盟的外交
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普布利乌斯·维利乌斯·塔普鲁斯（publius Villius tappulus）接替苏尔皮基乌斯指挥，但大部分时间都在处理叛变。
公元前198年夏季，菲利普向西进军，在阿奥斯河（Ao?s）穿过一条狭窄山谷的两侧扎营。
维利乌斯前来与他会合，但在得知继任者提图斯·昆克提乌斯·弗拉米尼努斯（titus quinctius Flamininus）正在前往科尔基拉（corcyra）接任指挥时，他仍在考虑如何行动。
在一次和平会议上，弗拉米尼努斯宣布了罗马新的和平条件。
在此之前，罗马仅仅命令菲利普五世停止攻击希腊城市。
现在，弗拉米尼努斯要求他对所有受到伤害的希腊城市进行赔偿，并撤回所有驻扎在马其顿境外的城市的军队，包括自公元前353年以来就一直属于马其顿王国的塞萨利。
菲利普愤怒地离开了会议，弗拉米尼努斯决定发起进攻。
在随后的阿奥斯战役（battle of the Aous）中，马其顿军队崩溃并逃跑，损失2000人。
菲利普收集幸存者，撤退至塞萨利，然后再到坦佩（tempe）。
在公元前198\/197年的冬季，菲利普宣布愿意和谈。
双方于公元前198年11月在洛克里斯（Locris）的尼卡亚（Nicaea）会面——菲利普从德梅特里亚斯（demetrias）出航，但拒绝在海滩上与弗拉米尼努斯及其盟友会面，因此他从船头向他们发表讲话。
为了拖延会议进程，弗拉米尼努斯坚持要求他的所有盟友在谈判时到场。
他重申要求菲利普五世撤回驻扎在希腊、伊利里亚和小亚细亚的所有军队。
菲利普不准备走这么远，他被劝说派遣使节前往罗马参议院。
当这一使节到达罗马时，参议院要求菲利普交出“希腊的枷锁”，即德梅特里亚斯、哈卡利斯和科林斯（corinth），但菲利普的使节声称他们没有权限同意这些要求，因此战争继续。
冬季剩余的时间里，菲利普动员了王国所有的人力，总共达到人。
此外，他还从色雷斯和伊利里亚增派了4000名轻装步兵和2500名雇佣兵。
所有这些部队在迪翁（dion）集结。
公元前197年6月，弗拉米尼努斯率领来自阿卡尔南、戈尔廷（Gortyn）、阿波罗尼亚（Apollonia）和阿萨马尼亚（Athamania）的盟军北上穿越热摩庇利（thermopylae）。
菲利普向南进入塞萨利，双方军队在基诺斯基法莱（cynoscephalae）展开决战。
这场被证明是战争的决定性战役中，弗拉米尼努斯的军团击败了菲利普的马其顿方阵。
菲利普本人骑马逃跑，集合幸存者，撤回马其顿。
菲利普被迫向罗马提出和平要求。
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公元前196年，菲利普五世与罗马签署了一项和平条约。
根据条约，菲利普五世必须放弃对所有位于希腊大陆和小亚细亚城市的主张，包括希腊的“枷锁”——科林斯、哈卡利斯和德梅特里亚斯。
他也不再能在他控制的领土上采伐木材。
这实际上意味着他无法建立大量武器的军备，例如大型战舰。
签署和平条约后，菲利普与罗马人合作，并为他们在公元前195年对抗纳比斯（Nabis）统治下的斯巴达提供物资支持。
菲利普五世还在与安条克三世（Antiochus III the Great）和阿卡尔南联邦的斗争中支持罗马。
在罗马与塞琉古战争结束后，罗马允许菲利普五世保留他征服的领土，如德梅特里亚斯、塞萨利的马格尼西亚沿海、阿塔马尼亚的部分地区、德洛皮亚（dolopia）、佩尔海比亚（perrhaebia ）的部分地区以及马利亚湾（malian Gulf）的一些城镇。
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菲利普五世通过对马其顿人口征税和开发王室财产（包括矿业、林业和农业）来增加收入。
根据罗马历史学家李维（Livy）的记载，自公元前168年起，菲利普五世所收的税收中不到一半转交给罗马。
在第二次马其顿战争后，菲利普五世增加了来自农业和矿业的收入。
菲利普专注于巩固在马其顿的权力。
他重新组织了国家的内部事务和财政，重新开放了矿山，并铸造了新的货币。
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然而，罗马对菲利普的意图仍然保持怀疑。
马其顿的邻国，特别是佩加蒙的指控导致罗马不断干预。
感觉到罗马可能会入侵马其顿并将他赶下王位的威胁加剧，菲利普试图通过武力和外交来扩大自己在巴尔干（balkans）的影响力。
然而，他的努力被他的小儿子德梅特里乌斯（demetrius）亲罗马的政策所破坏，德梅特里乌斯受到罗马的鼓励，考虑在继承问题上超过他的哥哥佩尔修斯（perseus）。
这最终导致佩尔修斯和德梅特里乌斯之间发生争吵，迫使菲利普不得不勉强决定在公元前180年处决德梅特里乌斯，罪名是叛国。
这个决定对菲利普五世的健康造成了严重影响，他在公元前179年年底于安菲波利斯（Amphipolis）去世。
他的长子佩尔修斯继承王位，佩尔修斯成为马其顿的最后一位国王。