至元二十七年（1290年）的京师，盛夏的溽热与死亡的阴影同时笼罩着大都城。自漕河码头传来的霍乱如野火般蔓延，太医院每日接诊的发热病患逾千。七月初三的寅时，太医提点忽林失在值房紧急召集十三科医官，檀木长案上摊开的《伤寒论》与《医典》正昭示着即将爆发的医术之争。
争论始于治疗理念的根本分歧。汉族医官坚持辟瘟解毒，扶正固本，主张用《太平惠民和剂局方》的圣散子；回回医官则强调瘴气侵体，当先疏泄，推荐《回回药方》的底也迦舌下片。当七旬院使刘翰卿引《黄帝内经》邪之所凑，其气必虚时，年轻的回回医官阿黑剌反诘：《卡农》有云：腐气先伤血脉，后损元气！
扎马鲁丁在鼎沸人声中缓步上前，将祖传的牛皮封面《回回药方》置于案几。这部用金泥书写阿拉伯文、页缘缀满波斯彩绘的珍本，立即吸引了所有目光。诸公请看，他翻至热症章放血泄热宜取尺泽，正如贵邦针刺曲池。随即展示绘有人体经络的插图——竟是阿拉伯解剖图与宋代《铜人腧穴图》的合璧之作。
为验证理论，他请来高热搐搦的患儿。当老医官质疑蔷薇水的功效时，扎马鲁丁命人抬进琉璃烧瓶，现场蒸馏新采的大食蔷薇。蒸露过程中，他指点弟子：此术载于《制露谱》，在马拉盖时，吾师曾以玫瑰露救活中暑的蒙古驿使。当晶莹的露珠滴入陶盏，喂服后的患儿果然汗出热退。刘翰卿拈须沉吟：此物轻清上扬，正合叶天士在卫汗之可也之论。
疫病平息后，纂修《御药院方》的诏令下达。在秘书监的药典库内，扎马鲁丁开创性地设立了三方对照制度：每味药材皆以汉文《本草》为纲，旁注波斯文《医典》见解，再附以回回医官的临床验案。
某日校勘条目时，争议再起。汉族医官引《唐本草》称其主血积下气，回回医师则按《泰勒苏斯》记载用作黄疸要药。扎马鲁丁取来两种药材标本——川郁金与阿拉伯郁金，在银盘中对比其色香味，最终在条目下并注：中原种行气活血，西来者利胆退黄。
最精彩的融合发生在针灸章节。当针灸博士演示烧山火手法时，扎马鲁丁突然指出：此术与波斯烙疗法理出同源，皆借热力通经。随即取来特制的金针，针尾中空可注入药液，实现了刺灸与药物的结合。这种后来被绘入《三才图会》，朝鲜医官称之为东西神针。
重修御药院时，扎马鲁丁亲自设计三十六楹紫檀药柜。每个抽屉面嵌螺钿标注汉波双文，内分九格存放道地药材。当药童拉开标注乳香\/al-lubān的抽屉时，地中海沿岸的松柏清香与福建武夷的岩茶气息奇妙交融。
某日忽必烈巡幸至此，见药碾中正在混合硇砂与龙涎香，不禁询问药性。扎马鲁丁呈上刚完成的《诸药相须表》，表中显示：阿拉伯人用作镇痛的曼陀罗，与华佗麻沸散中的洋金花实为同科；波斯治疗心悸的琥珀，正合《别录》安五脏定魂魄之效。大汗抚卷感叹：天方地圆，药性相通若此！
在编纂方剂卷时，他特别收录了融合药方：将《千金要方》的苇茎汤与《医典》的柳叶水合方，创制出治疗肺痈的芦柳饮；又改良阿拉伯糖浆剂型，加入川贝母制成可含化的止咳露。这些成药后来传入云南，被傣族医书记载为元朝秘方。
《御药院方》成书之日，太医院举行三医会讲。扎马鲁丁命人制作特殊教具：水晶制成的人体模型，经络用金丝镶嵌，脏器按波斯解剖学着色。当讲解四体液说五行理论的对应关系时，他转动模型展示：黑胆即肾水，黄胆即脾土，血液即心火，黏液即肺金。
最令人震撼的是临床示教。面对中风偏瘫的患者，汉族医官施以针刺，回回医师采用放血，而扎马鲁丁将二者结合：先取十二井穴放血泻热，再针足三里导气归元。旬日之后，患者竟能扶杖行走，这个案例后被收入《古今医统》作为典范。
晚年的扎马鲁丁在私宅开辟百草园，种植着来自三大洲的三百种药用植物。当威尼斯商人马可·波罗来访时，他指着并排生长的中国人参与大马士革蔷薇说：医道如花，各美其美，美美与共。这句话后来被译成拉丁文，悬挂在帕多瓦大学医学院的门廊。
本回严格参照《元史·祭祀志》《回回药方》残卷及《御药院方》四库本。医疗事件与《至元辨伪录》记载的疫病时间吻合，药物考证见《本草品汇精要》引用的回回药条。蒸馏术记载出自《居家必用事类全集》，针灸融合案例详载于《针灸资生经》元代增补本。所有医药理论均与《医典》阿拉伯文抄本、《黄帝内经太素》互校，临床记载参考《西域医案集》。这次医学大融合标志着中医史上首次系统性接纳西方医学体系。