南京国子监内新学与旧儒思想交锋的余波尚未平息，一份由枢密院会同兵部、格物院医学所联名上奏的《陆军及海军医疗保障改革疏》，便再次在朝堂之上，引发了一场虽不似思想辩论那般激烈，却同样关乎帝国根基的讨论。
这份奏疏的源头，可以追溯到刚刚结束的收复台湾之役。战役虽然取得了辉煌的胜利，但随军的几位格物院医学所观察员，以及部分有心的将领如陈泽，在战后总结中都提到了一个无法忽视的问题：军中医护。
奏疏中详细列举了台湾战役中暴露出的医疗困境：前线伤兵救治完全依赖随军的、数量严重不足的传统“金疮医”和僧道郎中，手段原始，多依靠经验；伤兵转运回后方营地的过程混乱而漫长，许多本可挽救的士兵因失血过多或感染，死在了颠簸的路上；营地里所谓的“医棚”条件恶劣，缺乏统一的卫生管理，伤口“发疽”（感染）而死的比率，甚至超过了阵亡人数；对于敌方伤兵，更是往往弃之不顾，任其自生自灭，这不仅有违人道，有时反而会激化当地人的抵抗情绪。
“陛下，” 奏疏的主笔人，格物院医学所副主事，一位曾深入前线、脸上还带着南方烈日灼伤痕迹的中年人张继科，在御前会议上慷慨陈词，“台湾一战，我军将士勇猛无畏，火炮犀利，战舰坚牢，此乃陛下圣明，格物之功。然，许多忠勇之士并非死于敌酋刀炮，而是亡于伤后救治不力！一卒之成，需数年操练，耗费钱粮无数，却因区区创伤溃烂而折损，实乃国之憾事！”
他顿了顿，声音更加沉痛：“臣等观红夷（荷兰）伤兵，其随军医者虽手段与我不同，却有固定流程，伤兵集中管理，虽亦多死亡，然其体系初具。反观我军，虽有勇力，于此道却落后矣！长此以往，于军心士气，于兵员保全，皆为巨大隐患。”
张继科的话，让参与会议的不少老成持重的将领，如刚刚卸任海军提督、转任枢密院副使的郑芝龙等人，都陷入了沉思。他们久经战阵，见惯了生死，但也深知张继科所言非虚。一支只能打胜仗，却无法有效保全有生力量的军队，终究是跛足的。
“尔等有何具体章程？” 朱由检端坐于上，声音平静，但目光锐利。他对此事的关注，远超寻常臣子的想象。在第二卷推动格物院设立医学所，支持其研究“病菌说”、推广“高温消毒法”时，他就已经预见到这一天。战争的形态在改变，后勤与医疗保障必须跟上。
张继科深吸一口气，呈上了详细的方案：
“臣等愚见，当在陆军及海军体系中，建立独立的‘军医司’，专司一切医疗卫生事宜。其首要之务，乃系统培训‘战地救护员’。”
他解释道，这些救护员不同于传统郎中，需由识文断字、身体强健的士兵中选拔，接受格物院医学所统一的速成培训，掌握止血、包扎、固定、搬运以及识别常见战场疾病等基本技能，并配发标准化的急救包。他们将被分配到最基层的哨、队一级，确保伤员能在第一时间得到初步处理。
“其二，于各主力镇、协以及海军分舰队，常设‘野战医院’。” 张继科继续阐述，“此医院非固定建筑，乃由特制帐篷、车辆或舰船舱室构成，具备机动性。院内需划分清洁区、处置区、重伤区，配备经过更严格培训的医官、护士（可从民间招募健妇或使用轻伤员），储备足量药材、器械，并能进行较为复杂的外科处置。重伤员经前线救护员处理后，需尽快后送至此类医院。”
这时，一位兵部的老郎中提出了异议：“张主事所言，固然有理。然则，此举耗费巨大！培训人员、设立医院、配备药材器械，皆需银钱。且我军历来编制，并无此等员额。再者，医者地位卑下，于军中设立专职，品秩如何界定？恐遭卫所军将抵制。”
这确实是实际问题。改革必然触及现有的利益格局和习惯。
不等张继科回答，朱由检却开口了，他的声音带着不容置疑的决断：“银钱之事，可由内帑与太仆寺马价银中先行拨付一部分，其余列入明年兵部预算。员额编制，枢密院与兵部重新核定，非常之时，当行非常之法，可设‘暂编’名额，先行试点。至于品秩地位……”
他略一沉吟，“军医司官员，可视同技术官，品秩单列，与同级军官待遇等同。战地救护员，享双份口粮，有功者优先升迁。非常之事，必待非常之人，待其成效彰显，何人还敢轻视？”
皇帝的金口玉言，瞬间压下了大部分关于钱和编制的争议。
然而，最引发争论的，是奏疏中的最后一条建议：“……对放下武器、不再构成威胁的敌方伤兵，亦应施以必要救护，展现‘王师’气度，此或可削弱敌之顽抗。”
“什么？救治虏酋伤兵？” 一位性情刚猛的都督佥事几乎跳了起来，“陛下！此辈侵我疆土，杀我百姓，死有余辜！不将其枭首已是皇恩浩荡，岂能再浪费宝贵药材救治？此议荒谬，徒长他人志气，灭自己威风！”
“是啊，陛下！军中儿郎见此，心中如何能平？只怕寒了将士之心！” 另一位将领也附和道。
御前会议的气氛顿时变得有些紧张。
这时，郑芝龙缓缓起身。他经历过招安，与各种势力打过交道，视野更为开阔。“陛下，诸位同僚，”他声音沉稳，“老夫以为，此议……或有道理。”
众人目光聚焦于他。
“台湾之战，热兰遮城守军最后投降，与其城内伤兵累累，缺医少药，士气彻底崩溃，不无关系。”郑芝龙分析道，“若我军能救治其伤兵，一则，可显我天朝上国仁义之师风范，瓦解敌之斗志，或许日后攻城略地，能少些抵抗。二则，”他目光扫过众将，“我等皆带兵之人，当知士卒心理。若知受伤被俘亦能活命，而非必死无疑，敌卒临阵死战之心，是否会减弱几分？”
他这番话，是从更实际的军事心理学角度出发，让一些将领陷入了思考。
张继科也趁机补充：“格物院医学所亦需大量病例以研究创伤救治。救治敌方伤兵，亦是积累经验之途径。且所用药材，多为本草常见之物，成本可控。”
朱由检最终拍板：“救治敌方伤兵一事，可行。然需把握分寸。原则上，于战斗结束后，对已无威胁之敌方重伤员，施以人道救护。此事由军医司负责，前线将领需予配合，不得阻挠。具体细则，由枢密院、兵部会同格物院详定。”
他环视群臣，语气铿锵：“军医体系，非一日可成。然此事关乎帝国长远武运，关乎朕每一个将士之性命，再难，亦必须做！即刻起，以京营及南洋舰队为试点，推行此军医新制。郑卿、张卿，此事由你二人总揽，遇难处，可直接奏报于朕！”
“臣等领旨！”郑芝龙和张继科肃然躬身。
皇帝的意志，再次推动了帝国军事机器向一个更现代化、也更人性化的方向，迈出了坚实而具有里程碑意义的一步。一支不仅拥有先进武器，更开始注重保存每一个战斗力的军队，其潜在的战斗力与凝聚力，将是可怕的。而这套初生的军医体系，以及那带有战略眼光的“人道救护”条款，也将在未来更广阔的战场上，展现出其意想不到的价值。